Quel médicament me convient-il ? C'est une quête incessante pour les patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI). Grâce à une analyse sanguine et tissulaire, un traitement sur mesure devient réalité.
Douleurs abdominales quotidiennes, selles liquides et ensanglantées, fatigue chronique, recherche constante des toilettes pour éviter les accidents, crainte de la chirurgie ou d'une stomie : voilà le quotidien d'environ 40 000 personnes en Belgique souffrant de maladie de Crohn ou de colite ulcéreuse. De nombreux médicaments efficaces et sûrs existent, mais aucun ne fonctionne chez plus de la moitié des patients. En tant que médecin, le choix est cornélien : baxter A, seringue B, baxter C, combinaison D, poudre E, pilule F ou suppositoire G ? Une décision aux conséquences majeures : une bonne qualité de vie immédiate ou des mois de souffrance, d'absentéisme et de complications.
Rechercher ce test prédictif, c'est comme chercher une aiguille dans une botte de foin.
Trouver le « témoin de Crohn », capable de prédire l'efficacité d'un traitement, relève du défi en raison de la complexité de la maladie, impliquant gènes, système immunitaire, microbiote intestinal et facteurs environnementaux.
Mes recherches ont permis de cartographier l'empreinte génétique de chaque patient avant traitement, via des techniques avancées. L'ARN, intermédiaire entre ADN et protéines, a été isolé de sang et de tissus intestinaux enflammés. Les séquences ARN ont été analysées bioinformatiquement pour identifier les gènes surexprimés ou sous-exprimés chez les patients répondeurs à un médicament donné. Ces profils génétiques prédisent ainsi l'efficacité potentielle.
Malgré la variabilité chez plus de 200 patients étudiés, des schémas récurrents émergent. Le schéma X prédit l'efficacité des médicaments A et B (même mécanisme), Y pour C, Z pour D.
En isolant l'ARN du sang ou du tissu intestinal avant traitement, l'ordinateur identifie l'empreinte génétique prédictive de l'efficacité d'un médicament.
Priorité au test sanguin, préféré par les patients à la biopsie intestinale.
Certaines signatures sont tissulaires, d'autres sanguines, ou les deux. Nous priorisons le test sanguin. Par exemple, un schéma prédit à 80 % l'efficacité de A ou B, mais pas de C ou D. D'autres témoins complètent pour ces alternatives.
La précision peut s'améliorer en intégrant microbiote, immunité et autres facteurs. Grâce à l'IA et nouveaux algorithmes, l'analyse de vastes données est possible. Dans un pilote avec 65 patients, l'intégration (génétique, immunité, protéines sanguines) atteint près de 100 % de précision. Une validation indépendante est en cours.
L'intégration de données multiples affinera l'empreinte individuelle pour des prédictions plus précises.
Ces tests prédictifs offrent un traitement personnalisé pour Crohn et colite ulcéreuse. Avec l'arrivée de nouveaux médicaments, leur besoin croît. Une validation internationale est nécessaire pour une implémentation hospitalière dans environ 10 ans. Finis les essais hasardeux : meilleure qualité de vie et économies pour la sécurité sociale.
Bram Verstockt, nommé pour la Flemish PhD Cup. Découvrez ses recherches sur www.phdcup.be.
