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Le microbiome intestinal : entre promesses miracles et scepticisme scientifique

La recherche sur le microbiome – cette communauté complexe de bactéries vivant dans et sur notre corps – mérite une bonne dose de scepticisme.

Notre corps abrite dix fois plus de bactéries que de cellules humaines. Le nombre d'études explorant les liens entre ces micro-organismes et diverses maladies explose : allergies, obésité, autisme... Les scientifiques identifient souvent des corrélations avec la composition de notre flore intestinale. Pourtant, le Dr William Hanage met en garde contre l'emballement médiatique.

Souris obèses

Selon Hanage, les études sur le microbiome souffrent de lacunes notables, comme la traduction hâtive des résultats chez la souris à l'humain. Par exemple, si des souris obèses maigrissent après réception de bactéries intestinales de donneurs minces, cela ne prouve rien pour l'homme. Willem van Schaik, du Département de microbiologie médicale de l'UMC Utrecht, partage cet avis : « Le microbiome des souris diffère grandement de celui des humains, même avec des bactéries humaines. Ces travaux sont intéressants, mais difficiles à extrapoler. »

Dans ce domaine, corrélation et causalité sont souvent confondues, note Hanage. Si les athlètes d'élite affichent une flore intestinale plus diversifiée, comme l'ont montré des chercheurs irlandais, l'exercice en est-il la cause ? Non, estime le microbiologiste américain John Eisen, qui a "récompensé" ces auteurs de son "Overselling the microbiome award" pour avoir suggéré cela dans leur résumé. Sur son blog, il décerne ce prix à quiconque exagère les vertus du microbiome.

Euphorie justifiée

L'Institut flamand de biotechnologie (VIB) a reçu ce prix en 2013 pour avoir présenté la flore intestinale des obèses comme "déterminant" leur santé. « Une erreur dans le communiqué de presse, corrigée immédiatement », précise Jeroen Raes, expert en microbiome à la KU Leuven et au VIB.

La traduction des recherches en communiqués et articles médiatiques simplifie souvent à l'excès. « L'euphorie et la simplification omettent les nuances de l'étude originale », explique Raes. « Pourtant, cette euphorie est justifiée. »

Raes juge la critique de Hanage trop étroite : « Il cible quelques études imparfaites et ignore la vaste recherche solide. Ce champ est jeune, avec des techniques en évolution. La plupart des travaux montrent des corrélations, mais il est réaliste d'espérer détecter et traiter précocement diabète et obésité via le microbiome. Chez des patients diabétiques de type 2, une greffe fécale a déjà accru la sensibilité à l'insuline. La base scientifique est solide pour un avenir prometteur. »

Greffe de caca maison

« Les reportages médiatiques instillent de faux espoirs aux malades chroniques, ce qui est regrettable », déplore Hanage. « Les tutos en ligne pour greffes fécales maison (visitez www.thepowerofpoop.com pour redécouvrir votre mixeur...) sont risqués et utiles dans peu de cas. »

Pour Schaik, le battage médiatique a des effets positifs : « Prendre conscience de l'importance des bactéries est bénéfique. Ne la surestimons pas : l'obésité vient avant tout d'une alimentation excessive et déséquilibrée. »


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