Les variantes sud-africaine et brésilienne du SARS-CoV-2 comportent la mutation E484K, qui complique la neutralisation du virus par le système immunitaire. Des cas émergents de la variante britannique B.1.1.7, déjà plus contagieuse, portent désormais cette même mutation. « C'est un atout pour le virus », soulignent les experts.
Cette variante sud-africaine présente neuf mutations sur la protéine spike, utilisée par le virus pour pénétrer les cellules humaines. Parmi elles, E484K joue un rôle clé en affaiblissant l'action des anticorps, tant chez les patients guéris du Covid-19 que chez les vaccinés. Cette mutation est également présente dans la variante brésilienne.
Au Royaume-Uni, onze cas confirmés associent la variante B.1.1.7 – estimée jusqu'à 50 % plus contagieuse – à E484K. Des chercheurs britanniques ont démontré en laboratoire qu'une version modifiée de B.1.1.7 avec E484K nécessite plus d'anticorps pour être neutralisée.
Nous avons généré des « pseudo » virus portant la protéine Spike du SARS-CoV-2 qui avaient les 8 mutations B.1.1.7 + E484K. Nous avons mélangé le virus avec des sérums d'individus vaccinés (Pfizer). Dans l'ensemble, E484K augmente considérablement la quantité d'anticorps sériques nécessaires pour prévenir l'infection des cellules. pic.twitter.com/K2hcjYzDnv
— Laboratoire Gupta, Cambridge (@GuptaR_lab) 2 février 2021
Aucun cas de B.1.1.7 avec E484K n'a été détecté en Belgique pour l'instant. « Mais cela ne saurait tarder », estime le spécialiste des maladies infectieuses Steven Callens (UZ Gent).
L'immunologue Geert Leroux-Roels (UZ Gent) anticipe également son apparition, par importation ou mutation spontanée. Un rapport gouvernemental britannique note que E484K est survenue plusieurs fois de manière aléatoire. « Les mutations avantageuses comme celle-ci se propagent progressivement », précise Leroux-Roels.
Quelle est la gravité ? « C'est un atout pour le virus », répond Leroux-Roels. Située sur la zone critique de la protéine spike, elle réduit la reconnaissance par les anticorps, même pour la variante britannique initialement bien ciblée.
Les essais cliniques récents des vaccins Johnson & Johnson (efficacité moyenne de 66 %, variant de 72 % aux États-Unis à 57-66 % en Afrique du Sud et Amérique latine) et Novavax (90 % au Royaume-Uni, 60 % en Afrique du Sud) signalent une efficacité moindre contre la variante sud-africaine, comme l'explique Leroux-Roels.
Cela n'invalide pas la protection vaccinale actuelle, mais signale une évolution préoccupante. « Pas besoin d'adaptation immédiate des vaccins, mais probablement à long terme », note Callens.
Pour Callens, cela impacte la campagne vaccinale : avec un virus plus contagieux et des vaccins moins efficaces contre certaines variantes, le seuil pour l'immunité collective (autrefois estimé à 70 %) augmente. « Il est crucial de vacciner un maximum de personnes rapidement. »
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