La nouvelle d'une nouvelle «super variante» deltakron, qui serait une combinaison de la variante delta et de la variante omikron, s'est rapidement répandue début janvier. Selon les chercheurs, cependant, cette variante n'a jamais existé. Deltakron pourrait être le résultat d'une contamination dans le laboratoire.
Le 7 janvier, le virologue Leonidos Kostrikis a rapporté à la télévision locale que son groupe de recherche à l'Université de Chypre avait identifié plusieurs génomes du SRAS-CoV-2 contenant des éléments des variantes delta et omikron.
Kostrikis et son équipe avaient téléchargé 25 séquences de cette «variante de la couronne delta» sur la plate-forme de base de données en ligne populaire GISAID. Quelques jours plus tard, ils en ont ajouté 27 autres. Le 8 janvier, le magazine d'informations financières Bloomsberg a repris l'histoire et peu de temps après, deltakron est devenu l'actualité mondiale.
Mais la science eut bientôt une explication à ce phénomène. De nombreux spécialistes ont indiqué tant sur les réseaux sociaux que dans la presse que les 52 séquences ne provenaient pas d'un nouveau variant et n'étaient donc pas le résultat d'une recombinaison entre les deux variants du virus. Ils étaient probablement le résultat d'une contamination survenue au laboratoire.
"Le deltakron n'existe pas du tout", a tweeté Krutika Kuppalli, membre de l'équipe technique COVID-19 de l'Organisation mondiale de la santé, le 9 janvier. "Omikron et delta n'ont PAS formé une supervariante."
Comment une petite quantité de séquences du SRAS-CoV-2 est devenue le centre d'une brève et intense controverse scientifique est une histoire complexe. Certains chercheurs louent la détection rapide d'une éventuelle erreur de séquençage. Cependant, d'autres appellent à la prudence pour éviter de répandre de fausses informations pendant la pandémie.
Kostrikis dit que certains aspects de son hypothèse originale ont été mal interprétés. Le nom déroutant a conduit les médias à soupçonner qu'il s'agissait d'une recombinaison des variantes delta et omikron, mais il n'a jamais dit qu'il s'agissait d'une forme hybride entre les deux virus.
Malgré cela, Kostrikis a supprimé les données de la partie accessible de la base de données 72 heures après l'avoir téléchargée en attendant une enquête plus approfondie.
Cheryl Bennett, membre du bureau de Washington de la fondation GISAID, affirme que des erreurs de séquençage peuvent se produire car plus de 7 millions de génomes du SRAS-CoV-2 ont été téléchargés dans la base de données GISAID depuis janvier 2020.
Sauter à des conclusions basées sur des données qui viennent d'être mises à disposition par des laboratoires sous une énorme pression pour générer des données rapidement n'est pas idéal dans n'importe quelle épidémie, convient Bennett.
Les séquences «delta krone» ont été découvertes par Kostrikis et son équipe lors de la recherche de variantes du SRAS-CoV-2 à Chypre. Ce faisant, les chercheurs ont noté des caractéristiques génétiques similaires à celles de la variante omikron dans le gène de la protéine de la colonne vertébrale, avec laquelle le virus pénètre dans les cellules.
L'hypothèse initiale de Kostrikis était que certaines particules de virus delta avaient indépendamment développé des mutations sur la protéine épineuse que la variante omikron possède également. Après que "deltakron" ait fait les gros titres dans le monde entier, les experts ont évoqué une autre possibilité :une erreur de laboratoire.
Le séquençage se fait avec des amorces † Ce sont de petits morceaux d'ADN qui servent de point de départ pour le séquençage en se liant à la séquence cible.
'Il faut laisser le temps à la science de se corriger'
La variante delta a une mutation dans le gène codant pour la protéine de la colonne vertébrale qui peut empêcher certaines amorces de se lier, ce qui rend plus difficile le séquençage de cette partie du génome. Omikron n'a pas cette mutation. Ainsi, lorsque des particules d'omicron pénètrent dans un échantillon contenant des particules delta, cela peut faire ressembler le gène de la protéine de la colonne vertébrale à celui de la variante omikron, explique Jeremy Kamil, virologue à la Louisiana State University Health Shrevepor.
"Ce type de contamination est très courant", explique Kamil.
Kostrikis le conteste. Si le deltakron était le résultat d'une contamination, alors les séquences d'omikron auraient également émergé avec des mutations de type delta, car omikron a sa propre mutation inhibant l'amorce. Il estime que "l'idée de la contamination du laboratoire a été avancée via les réseaux sociaux sans examiner l'ensemble des données et sans aucun argument pour prouver que la découverte du deltakron n'était pas réelle".
Même si les séquences découvertes ne sont pas le résultat d'une contamination, selon d'autres chercheurs, les mutations ne sont pas propres à l'omikron :elles se produisent également dans d'autres variantes. Deltakron n'est donc pas un nom correct.
"GISAID regorge de séquences contenant des éléments de séquences que nous voyons dans d'autres variantes", a déclaré Thomas Peacock, virologue à l'Imperial College de Londres. "De telles séquences sont constamment chargées", dit-il. "Mais généralement, les scientifiques n'ont pas à expliquer ces données car la presse internationale n'est pas dessus."
"Les scientifiques doivent faire attention à ce qu'ils disent", estime un virologue qui a souhaité rester anonyme pour ne pas se mêler de polémiques. "Si nous disons quelque chose, cela pourrait entraîner la fermeture des frontières."
Kostrikis dit qu'il étudie actuellement toutes les informations cruciales d'éminents scientifiques du monde entier concernant la "delta krone". Il prévoit de soumettre la recherche à un examen par les pairs.
Pendant ce temps, Kamil et d'autres chercheurs craignent que de tels incidents ne rendent les chercheurs plus hésitants à publier des données très récentes. La science doit avoir le temps de se corriger. Mais en cas de pandémie, nous devons simplement être en mesure de publier rapidement des données sur le génome viral afin de détecter des variants. »
Cet article a déjà été publié dans Nature News et a été traduit par Isabelle De Schepper.
