La rumeur d'une nouvelle "super variante" Deltakron, censée combiner les variants Delta et Omicron du SARS-CoV-2, a fait le tour du monde début janvier. Les experts ont rapidement démonté ce mythe : cette variante n'a jamais existé et résulte probablement d'une contamination en laboratoire.
Le 7 janvier, le virologue Leondios Kostrikis a annoncé à la télévision chypriote que son équipe à l'Université de Chypre avait identifié plusieurs génomes du SARS-CoV-2 mêlant des éléments des variants Delta et Omicron.
Kostrikis et ses collaborateurs ont déposé 25 séquences de cette "variante Deltakron" sur GISAID, la base de données internationale de génomes viraux, suivies de 27 autres quelques jours plus tard. Le 8 janvier, Bloomberg relaie l'information, propulsant Deltakron à la une mondiale.
La communauté scientifique a vite fourni une explication rationnelle. De nombreux experts, sur les réseaux sociaux et dans la presse, ont conclu que ces 52 séquences n'étaient pas issues d'une recombinaison virale, mais d'une erreur de laboratoire.
"Le Deltakron n'existe pas du tout", a tweeté Krutika Kuppalli, membre de l'équipe technique Covid-19 de l'OMS, le 9 janvier. "Omicron et Delta n'ont PAS formé une supervariante."
Comment une poignée de séquences a-t-elle déclenché une controverse scientifique fulgurante ? Certains saluent la détection rapide d'une potentielle erreur de séquençage, d'autres appellent à la prudence pour éviter la propagation de fausses nouvelles en pleine pandémie.
Kostrikis estime que son hypothèse initiale a été mal interprétée. Le nom "Deltakron" a induit les médias en erreur, suggérant une hybridation, alors qu'il n'avait jamais évoqué une forme hybride des deux variants.
Malgré cela, il a retiré les données de la partie publique de GISAID 72 heures après leur dépôt, en attendant une analyse approfondie.
Cheryl Bennett, du bureau de Washington de GISAID, rappelle que des erreurs de séquençage sont courantes : plus de 7 millions de génomes SARS-CoV-2 ont été uploadés depuis janvier 2020. Tirer des conclusions hâtives sur des données brutes, issues de labs sous pression, n'est pas recommandé, même en épidémie.
À Chypre, l'équipe de Kostrikis a repéré ces séquences "Deltakron" lors d'une surveillance des variants. Elles présentaient des caractéristiques génétiques proches d'Omicron dans le gène codant la protéine Spike, clé d'entrée du virus dans les cellules.
Son hypothèse : des virus Delta auraient acquis indépendamment des mutations similaires à celles d'Omicron sur la Spike. Mais après le buzz médiatique, les experts ont évoqué une contamination.
Le séquençage utilise des amorces – courts fragments d'ADN servant de points d'amorçage. Delta porte une mutation bloquant certaines amorces sur la Spike, contrairement à Omicron. Une contamination Omicron dans un échantillon Delta peut ainsi créer l'illusion d'une Spike "Omicron-like", explique Jeremy Kamil, virologue à la Louisiana State University Health Shreveport.
'Il faut laisser le temps à la science de se corriger.'
"Ce type de contamination est très courant", ajoute Kamil.
Kostrikis conteste : une telle contamination impliquerait aussi des séquences Omicron avec des mutations Delta, ce qui n'est pas observé. Il dénonce une accusation hâtive via les réseaux sociaux, sans analyse complète des données.
Même sans contamination, ces mutations ne sont pas exclusives à Omicron : elles apparaissent dans d'autres variants. "Deltakron" n'est donc pas un nom approprié.
"GISAID est rempli de telles séquences hybrides anodines, uploadées en permanence", note Thomas Peacock, virologue à l'Imperial College London. "Mais sans battage médiatique, personne n'y prête attention."
"Les scientifiques doivent peser leurs mots", confie anonymement un virologue. "Une déclaration peut déclencher des fermetures de frontières."
Kostrikis examine actuellement les retours d'experts mondiaux et prépare une publication soumise à peer-review.
Des chercheurs comme Kamil craignent que ces incidents ne freinent la publication rapide de données génomiques essentielles en pandémie. La science a besoin de temps pour s'auto-corriger, mais la rapidité reste cruciale pour détecter les variants.
Cet article a été publié dans Nature News et traduit par Isabelle De Schepper.
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