Il ne le fait pas en laboratoire, mais dans de grandes quantités de données génétiques sur son ordinateur.
Le yaourt que vous avez ramassé ce matin, le fromage dans votre pain l'après-midi, le verre de bière au café :tout cela grâce au travail des bactéries. Nous utilisons ces minuscules créatures depuis des siècles pour faire fermenter les aliments - leur permettre de se gâter de manière contrôlée - afin de créer de nouvelles saveurs ou de prolonger leur durée de conservation.
Sander Wuyts (1991) échangera bientôt l'Université d'Anvers pour le prestigieux Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) à Heidelberg, en Allemagne. « J'y entamerai un post-doctorat de deux ans. Après cela, j'aurai peut-être envie d'aller dans le monde de l'entreprise. Une start-up dans l'analyse bioinformatique, ça m'attire vraiment maintenant.'
Votez pour SandreOn dit aussi que les bactéries présentes dans les aliments fermentés sont bonnes pour notre santé. C'est ce qu'on prétend depuis longtemps. «Mais de nombreuses recherches sont encore nécessaires dans ce domaine», déclare le bioinformaticien Sander Wuyts. Pour son doctorat à l'Université d'Anvers et à la Vrije Universiteit Brussel, il a cartographié la biodiversité dans les jus de légumes fermentés. « J'ai découvert que le jus de carotte fermenté contient une grande variété de bactéries lactiques. Ces bactéries ou probiotiques sains peuvent éventuellement renforcer le système immunitaire.'
Au départ, Wuyts avait prévu quelque chose de différent avec ses recherches. Il voulait évaluer à quel point il est sûr de faire fermenter des légumes à la maison. Il a réussi à convaincre une quarantaine de volontaires de laisser le jus de carotte se gâter dans leur cuisine. En échange, ils ont reçu un atelier de fermentation de Rose Greene, la sous-chef de Kobe Desramaults du restaurant alors étoilé In De Wulf.
'Dans le laboratoire, vous travaillez avec des organismes vivants, dont vous devez patiemment prendre soin et grandir. Tout est beaucoup plus rapide avec un ordinateur'
« Les volontaires envoyaient chaque jour des échantillons de leur jus de carotte à notre laboratoire. Cela nous a permis de suivre de près le processus de fermentation. Celle-ci semble consister en trois phases. Dans le premier, règnent les «mauvaises» bactéries pathogènes. Ceux-ci sont dépassés et même détruits par des bactéries qui augmentent l'acidité. Et dans la phase finale, les lactobacilles, un type de bactéries lactiques, prennent le pouvoir. Ces bactéries sont inoffensives pour nous et constituent même une source potentielle de nouveaux médicaments.'
Wuyts dit qu'il a apprécié le projet de science citoyenne, qui a été baptisé «Ferme Pekes». « Les participants ont posé des questions très différentes de celles que nous avons, les scientifiques. La collaboration a donc été très inspirante. Et grâce au projet, j'ai tout de suite pu aborder mes recherches à grande échelle."
Wuyts lui-même a déjà fait des expériences de fermentation en laboratoire et il a travaillé avec le chef Desramaults. « Il a beaucoup d'expérience dans le domaine de la fermentation. Mais nous devons aux volontaires d'avoir pu étudier des fermentations très différentes en une seule fois."
«Les participants ont utilisé différentes racines pour leur jus, du marchand de légumes, du supermarché ou de leur propre culture. Les bactéries déjà présentes sur les racines différaient. D'autres bactéries vivaient également dans les cuisines. Cela nous a permis d'isoler une grande diversité de bactéries des jus d'un seul coup et de les tester pour leurs propriétés utiles. J'ai découvert un certain nombre de probiotiques potentiels encore inconnus. Soit dit en passant, c'est ce que je trouve le plus fascinant dans le fait d'être scientifique :être le tout premier à voir quelque chose que personne n'a jamais vu auparavant."
Nous avons pris rendez-vous pour cet entretien dans le labo de Wuyts. Nous sommes loin dans notre conversation lorsque Wuyts dit qu'il doit avouer quelque chose. "En fait, je viens rarement ici. La plupart de mes recherches se font sur ordinateur. La principale chose que je fais encore ici au labo est de distiller l'ADN du jus de carotte.'
Wuyts finit par se retrouver avec un petit tube à essai avec un liquide transparent provenant d'une tasse pleine de jus d'orange. "C'est l'ADN. Il contient les données bactériennes que je recherche.'
Wuyts utilise un deuxième appareil pour convertir l'ADN en données informatiques lisibles. « Ou plutôt :une énorme quantité de données que je dois rendre lisibles. Je développe un logiciel qui peut le faire pour moi. Une fois que les données sont lisibles, je peux cartographier les souches bactériennes qui vivaient dans le jus de carotte d'origine.'
Beaucoup de travail sur ordinateur, peu de temps en labo :certains chercheurs peuvent y voir un inconvénient. Pas du tout. « J'ai une nette préférence pour l'ordinateur. Au laboratoire, vous travaillez avec des organismes vivants dont vous devez patiemment prendre soin et grandir. Cela prend du temps et le travail considérable ne donne pas toujours de résultats. J'ai donc beaucoup de respect pour mes collègues qui m'aident dans cette tâche. Mais sur l'ordinateur, je peux simuler des scénarios et obtenir des résultats beaucoup plus rapidement."
Wuyts a déjà prouvé qu'il était à l'aise avec le logiciel ADN en remportant le défi international DNA Bitcoin. Il a été le premier au monde à déchiffrer le message que le bioinformaticien britannique Nick Goldman avait caché dans un tube d'ADN. Il a été récompensé par un bitcoin, qui valait à l'époque environ 8 000 euros.
« L'ADN est une molécule fantastique. Ce n'est rien en taille, mais il contient toutes les informations dont vous avez besoin pour faire un être vivant. L'ADN dure aussi très longtemps :on trouve encore du matériel lisible vieux de cent mille ans. Les scientifiques y voient donc une alternative à nos formes actuelles de stockage de données ».
L'idée est que les données qui se trouvent actuellement sur les serveurs peuvent être écrites dans l'ADN, stockées et lues plus tard. Cela semble prometteur, mais avant que cela ne se produise, les scientifiques ont encore un certain nombre d'obstacles à franchir. Wuyts :"La lecture de l'ADN est devenue moins chère, mais l'écriture de données dans l'ADN reste un processus très coûteux."
De plus, il n'est pas facile de simplement lire les informations contenues dans l'ADN. Lorsque Wuyts a remporté le défi DNA Bitcoin de Goldman, la compétition durait depuis trois ans. "La date limite était presque passée lorsque j'en ai entendu parler pour la première fois, mais personne n'avait encore réussi à déchiffrer les données. J'ai envoyé un e-mail à Goldman pour lui demander si je pouvais obtenir un échantillon."
«La lecture de l'ADN n'a pas été si difficile, notre laboratoire est spécialisé dans ce domaine. Le défi le plus difficile est venu ensuite. J'ai dû programmer un logiciel pour reconvertir l'ADN en un fichier informatique. Mais ça a marché, et j'ai gagné le bitcoin. Même la télévision ukrainienne est venue m'interviewer."
