Il ne le fait pas en laboratoire, mais en analysant d'immenses volumes de données génétiques sur son ordinateur.
Le yaourt de ce matin, le fromage de votre sandwich l'après-midi, la bière au café : tout cela repose sur le travail des bactéries. Depuis des siècles, nous exploitons ces micro-organismes pour fermenter les aliments, leur conférant de nouvelles saveurs ou une conservation prolongée de manière contrôlée.
Sander Wuyts (1991) quittera bientôt l'Université d'Anvers pour un post-doctorat de deux ans au prestigieux Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) à Heidelberg, en Allemagne. « J'y entamerai mes recherches. Ensuite, une start-up en analyse bioinformatique pourrait m'attirer. »
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Les bactéries des aliments fermentés sont souvent présentées comme bénéfiques pour la santé. « Mais de nombreuses études restent nécessaires », explique le bioinformaticien Sander Wuyts. Pour sa thèse à l'Université d'Anvers et à la Vrije Universiteit Brussel, il a cartographié la biodiversité microbienne dans des jus de légumes fermentés. « Le jus de carotte fermenté révèle une grande variété de bactéries lactiques, ou probiotiques, potentiellement capables de renforcer l'immunité. »
Initialement, Wuyts visait à évaluer la sécurité de la fermentation maison de légumes. Il a mobilisé une quarantaine de volontaires pour fermenter du jus de carotte chez eux, en échange d'un atelier dirigé par Rose Greene, sous-chef de Kobe Desramaults au restaurant étoilé In De Wulf.
« Au labo, on cultive des organismes vivants avec patience. Sur ordinateur, tout est bien plus rapide. »
« Les volontaires nous envoyaient quotidiennement des échantillons. Cela a permis de suivre la fermentation en trois phases : d'abord les bactéries pathogènes, supplantées par celles augmentant l'acidité, puis les lactobacilles dominants, inoffensifs et sources potentielles de médicaments. »
Wuyts apprécie ce projet de science citoyenne, « Ferme Pekes ». « Les questions des participants différaient des nôtres, enrichissant nos travaux. Grâce à eux, j'ai pu analyser rapidement une grande diversité bactérienne. »
Il a lui-même expérimenté en labo et collaboré avec le chef Desramaults. « Les variations des ingrédients et environnements domestiques ont révélé des probiotiques inconnus. C'est fascinant d'être le premier à les découvrir. »
Notre entretien a lieu dans son labo, mais Wuyts avoue : « J'y viens peu. La plupart de mes analyses se font sur ordinateur, hormis l'extraction d'ADN des jus. »
De jus d'orange trouble, il obtient un tube d'ADN clair. « C'est là que résident les données bactériennes. » Un second appareil les convertit en données numériques. « J'ai développé un logiciel pour les interpréter et cartographier les souches originelles. »
Moins de labo, plus d'ordinateur ? « Je préfère : les cultures sont lentes et incertaines. Sur PC, les simulations sont rapides. Respect aux collègues du bench ! »
Wuyts excelle en bioinformatique, comme prouvé par sa victoire au défi DNA Bitcoin : premier à décoder le message caché dans l'ADN par Nick Goldman, récompensé d'un bitcoin valant alors 8 000 euros.
« L'ADN est incroyable : minuscule, il encode la vie et persiste des millénaires. Idéal pour stocker des données à long terme. »
Malgré le coût élevé de l'écriture, la lecture s'améliore. Pour le défi, « la séquençage était aisé, mais reprogrammer l'ADN en fichier fut ardu. Ça a marché ! Même la TV ukrainienne m'a interviewé. »
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