Pour vraiment comprendre comment fonctionne le corps humain - et comment il tombe malade - vous avez besoin d'une montagne d'informations.
Vous devez savoir de quel type de cellules chaque tissu est composé; quels gènes, protéines et autres molécules sont à l'œuvre dans chacun d'eux ; quels processus pilotent leur activité ; où se trouvent les cellules ; comment fonctionne habituellement l'interaction entre eux ; et qu'advient-il de notre corps lorsqu'un changement génétique ou autre se produit dans l'une de ces cellules.
Rassembler ces connaissances semble impossible. Pourtant, un consortium international s'y est mis. Le projet s'appelle Human Cell Atlas.
Les chercheurs ont commencé à travailler en octobre 2016. L'initiative Chan Zuckerberg s'est également impliquée. En juin, il a annoncé qu'il apporterait un soutien financier et technique à une plateforme ouverte de partage de données. De cette façon, les chercheurs à l'intérieur et à l'extérieur du projet peuvent utiliser et partager toutes les connaissances qu'ils ont acquises.
L'atlas, qui vise à rassembler les informations des projets existants et futurs, est devenu possible grâce à une série d'évolutions technologiques. Aujourd'hui, nous pouvons mieux isoler les cellules et identifier les protéines cellulaires, les bêtes de somme de l'organisme. Nous pouvons cartographier l'ADN et l'ARN plus rapidement et à moindre coût. Le projet s'intéresse à n'importe quel « ome » :le génome (l'ensemble de tous les gènes), le transcriptome (l'ARN constitué des gènes), le protéome (les protéines), le métabolome (petites molécules comme les sucres, les acides gras et acides aminés impliqués ou produits par les processus cellulaires) et le fluxome (réactions métaboliques). Toutes ces informations seront organisées dans différentes sous-régions des cellules. De cette façon, vous obtenez une simulation de tous les types de cellules du corps et de tous les états qu'elles assument. Cela devrait conduire à de nouvelles connaissances sur la façon dont les maladies se développent et sur la manière dont nous pouvons intervenir.
L'atlas des protéines humaines est l'une des pièces de puzzle les plus avancées de l'atlas cellulaire. Cette base de données est constamment mise à jour et donne une idée de l'effort requis par une telle entreprise.
L'Atlas des protéines humaines donne un aperçu de la plupart des gènes humains qui codent pour les protéines. L'information est basée sur l'examen du génome, du transcriptome, du protéome et des anticorps (qui révèlent où se trouve un gène). Depuis le début du projet en 2003, environ 100 années-homme de développement de logiciels ont été consacrées au suivi et à l'organisation des données pour une analyse à l'échelle du système. Les pathologistes ont commenté plus de 10 millions d'images. L'atlas comprend également une carte montrant l'emplacement de plus de 12 000 protéines dans 30 sous-compartiments ou organites de différentes cellules.
Toutes ces informations sont librement accessibles à la communauté des chercheurs. Les utilisateurs peuvent rechercher tous les principaux organes et tissus dans la base de données. Ils peuvent également rechercher des protéines avec certaines propriétés. Des protéines qui sont responsables du maintien des cellules, par exemple, ou qui ne se trouvent que dans certains tissus. La base de données peut également aider à cartographier l'enchevêtrement des interactions dynamiques qui façonnent la vie. Cela peut également stimuler le développement de nouveaux traitements médicaux.
Ce sera une tâche titanesque de faire une vue d'ensemble de toutes les cellules, mais l'atlas sera inestimable pour une meilleure prise en charge adaptée au patient.
