La virologue néerlandaise Marion Koopmans (Erasmus MC) fait partie de l'équipe mandatée par l'Organisation mondiale de la santé pour reconstituer le début de la pandémie. "Nous devrons peut-être attendre des années pour obtenir des réponses."
Fin décembre 2019, le service de santé de la ville chinoise de Wuhan a recensé quelques cas suspects de pneumonie de cause inconnue. Plusieurs de ces premiers cas officiellement confirmés de ce qui sera plus tard surnommé Covid-19 ont des liens avec le marché de Huanan. Les patients y travaillent ou y sont des clients réguliers. Diverses espèces animales sont commercialisées vivantes sur le marché dit humide et abattues sur place. Un endroit rêvé pour que les virus sautent d'une espèce à l'autre.
Nous sommes maintenant plus d'un an et plus de 1,5 million de victimes mortelles de covid officiellement confirmées. Mais de nombreuses questions cruciales sur ce qui est exactement à l'origine de cette pandémie restent sans réponse. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a réuni une équipe internationale pour retracer les étapes du maudit virus SARS-CoV-2 jusqu'à la source de cette pandémie. L'équipe arrivera en Chine jeudi prochain.
La virologue hollandaise Marion Koopmans (Erasmus MC), selon Nature l'un des scientifiques à surveiller en 2021 fait partie des élus.
La question à 1 million de dollars est, bien sûr, comment tout a commencé. Nous sommes à peu près sûrs que le virus provenait à l'origine des chauves-souris, mais le chemin vers cette pandémie n'est pas clair. Une variante du virus a-t-elle sauté directement à l'homme qui était immédiatement transmissible, ou le virus s'est-il d'abord adapté après le saut à l'homme ? S'est-il d'abord propagé à d'autres animaux ? Comment sommes-nous entrés en contact avec ce virus, par la contrebande d'animaux sauvages ou en attrapant et en mangeant des chauves-souris ? Ou s'agit-il d'autre chose? Nous avons encore de nombreuses pistes à explorer."
"Nous savons depuis longtemps que des coronavirus de type SRAS circulent chez les chauves-souris en Chine. Mais la question de suivi est beaucoup plus difficile :quelle est la prochaine étape d'un tel virus ? »
«En traçant cela, vous espérez pouvoir faire de meilleures prévisions de risque à l'avenir. C'est très difficile maintenant. Pour les virus de la grippe aviaire, après trente ans de recherche, on connaît maintenant un certain nombre de caractéristiques génétiques qui obligent à surveiller de près tel virus particulier – par exemple, en cas de mutations de la protéine à la surface du virus , ce qui facilite la liaison aux cellules de nos voies respiratoires. Afin de pouvoir faire de même pour cette famille de virus, nous devons savoir exactement quel chemin a été emprunté.'
«Nous savons depuis longtemps que toutes sortes de coronavirus de type SRAS circulent chez les chauves-souris en Chine. Avec la métagénomique, nous pouvons voir quels virus sont porteurs de chauves-souris ou de rongeurs. Mais la question de suivi est beaucoup plus difficile :quelle est la prochaine étape d'un tel virus, et pouvons-nous l'utiliser pour un système d'alerte ?'
«Nous avons déjà des programmes de surveillance des volailles et des porcs pour les virus de la grippe. Ils examinent les animaux pour les variantes à risque. Il serait bon d'avoir également un programme de surveillance de la 'maladie X', un pathogène encore inconnu qui pourrait conduire à une pandémie."
« Il ne s'agit pas seulement des propriétés des virus eux-mêmes. Il est également important que nous sachions dans quelles espèces animales ils se produisent et ce qui arrive à ces animaux. S'agit-il d'animaux laissés seuls ou qui vivent en étroite collaboration avec des humains ? »
« Il y a cinq ans, l'OMS avait déjà établi une liste de maladies prioritaires, dont le SRAS et le MERS. C'est pourquoi quelque chose était déjà sur l'étagère. La recherche sur les vaccins contre les coronavirus avait déjà été investie, mais elle n'était tout simplement pas si avancée. Maintenant que les vaccins sont disponibles, vous pouvez vous demander :et si nous obtenions une variante de ce virus ? Devez-vous alors seulement brancher la nouvelle information génétique sur les vaccins existants et faire une étude de sécurité limitée ? Cela peut alors aller beaucoup plus vite.'
«Nous en savons déjà beaucoup sur la grippe. Pour les coronavirus, nous allons maintenant apprendre cela. Vous pourriez faire la même chose pour une liste plus longue de virus trouvés chez les animaux. En fin de compte, le nombre de familles de virus est limité, et avec les connaissances actuelles, vous pourriez essayer de préparer quelques éléments pour les familles dont vous avez des raisons de croire qu'elles pourraient sauter. »
« Cela implique qu'il n'y a pas de lien direct et qu'il y a encore beaucoup d'étapes entre les deux. On ne sait pas pourquoi. Ce que nous savons de ces virus chez les chauves-souris, nous le savons à partir d'un nombre limité d'échantillons, alors que ces animaux sont présents en très grand nombre. Les données datent également de plusieurs années. Peut-être, sur la base de données plus complètes ou plus récentes, verrions-nous une plus grande similitude génétique. »
"C'est une piste que nous explorons certainement, car le SRAS et le MERS avaient aussi un hôte intermédiaire. Et là aussi, il y a de fortes indications que les chauves-souris sont les sources de ces virus. Le SRAS a atteint les humains par les civettes, le MERS circulait chez les dromadaires. Des tests d'anticorps dans d'anciens échantillons de sang ont montré qu'ils étaient porteurs du virus dès les années 1980. C'est quelque chose que vous voulez cartographier avec un tel système d'alerte."
«On sait maintenant quelque chose sur la sensibilité des différentes espèces animales, sur la base de la similitude entre leurs récepteurs et la protéine épineuse du virus. Ensuite, vous pouvez rechercher spécifiquement des anticorps dans ces espèces. Le point de départ est la question de savoir quels animaux se trouvaient sur ce marché à Wuhan et d'où ils venaient - des environs immédiats, de l'autre côté du pays ou de l'étranger. »
"Rien n'est exclu."
« Une grande partie du premier groupe de patients avait un lien avec ce marché. Mais cela ne signifie pas que le virus s'est propagé à l'homme là-bas. Il est également possible qu'un ou plusieurs patients aient déjà été infectés ailleurs, et que le marché ait été un lieu de super propagation.'
"Les premiers cas autour du marché de Huanan à Wuhan n'étaient peut-être que la pointe de l'iceberg"
«Lorsque nous avons vu les premiers cas aux Pays-Bas en février, nous avons effectué un dépistage une semaine plus tard auprès du personnel soignant de dix hôpitaux. Il s'est avéré que 4,5% se promenaient déjà avec l'infection. Parce que l'infection est souvent si bénigne, elle peut circuler sans être détectée. Jusqu'à ce que tout à coup, il y ait tellement de cas en même temps, de sorte que cela commence à se démarquer, car il y a aussi des cas plus graves. De même, ces cas autour du marché de Huanan auraient pu n'être que la partie émergée de l'iceberg."
"Certaines choses sont plus faciles à comprendre si vous pouvez commencer tout de suite, pour d'autres, cela fonctionne dans l'autre sens. Nous avons maintenant beaucoup plus de connaissances sur les espèces animales les plus sensibles, vous pouvez donc les rechercher de manière plus ciblée. Nous avons également des méthodes assez fiables pour reconnaître les anomalies sur les rayons X qui conviennent au covid-19, avec lesquelles vous pouvez effectuer des recherches dans les données hospitalières stockées.'
"Ce n'est pas comme si vous ne pouviez rien faire après un an. Mais ce sont des études incroyablement difficiles qui peuvent prendre beaucoup de temps. Il nous a fallu des années pour élucider le rôle des animaux sauvages en tant qu'hôtes intermédiaires d'Ebola. »
« Si je n'avais pas d'espoir, je ne participerais pas. Une reconstruction exacte serait fantastique, mais il me semble plus réaliste que nous ne puissions dire que les scénarios les plus ou les moins probables. Je suppose également que cette recherche prendra des années."
"La Chine a informé l'OMS qu'elle soutenait cette mission. La Chine a de bons scientifiques. Beaucoup de bonnes questions ont déjà été posées et on nous propose déjà beaucoup d'informations. Je suppose que nous aurons suffisamment d'espace pour faire notre travail, même si ce ne sera pas facile en raison de la fragmentation des pouvoirs et de la bureaucratie.'
«Nous commençons par une quarantaine de 14 jours. Ensuite, nous commençons à Wuhan, puis nous voyons où les questions de recherche nous mènent.'
