Le nombre d'échantillons positifs au Covid-19 dont le génome est en cours de cartographie est en augmentation. Cela ne nous apprend pas seulement quelque chose sur la propagation de variantes virales plus contagieuses. Il aide également à surveiller la réponse du virus aux traitements et aux vaccins. « À mesure que de plus en plus de personnes sont vaccinées, la pression pour que le virus mute augmente. »
Le mois dernier, le gouvernement fédéral a décidé que le génome du virus SARS-CoV-2 devait être cartographié à plus grande échelle. Selon le virologue Steven Van Gucht (Sciensano), le génome est actuellement lu pour environ quatre cents tests positifs par semaine. L'objectif est d'analyser 2 % de tous les échantillons positifs. Il y en a actuellement environ 2 000 par jour.
Que pouvons-nous apprendre de cela ? "L'analyse de deux pour cent des échantillons positifs - répartis de manière représentative sur les régions et les âges - devrait nous donner un aperçu de la propagation de nouvelles variantes de virus, telles que la variante" britannique "B.1.1.7", déclare Van Gucht. "Il y a des indications que c'est plus contagieux, mais comment cela se traduit dans le contexte belge n'est pas clair. B.1.1.7 s'est répandu rapidement au Royaume-Uni et en Irlande, mais il est difficile de déterminer dans quelle mesure cela a à voir avec les mesures plus souples. Cela pourrait tout aussi bien être le résultat des adaptations génétiques qui donnent au virus un avantage sélectif.'
La décision de séquencer 2% des tests positifs n'est pas tellement motivée par ce qui est nécessaire. "C'est ce qui est faisable pour le moment", déclare le biostatisticien Geert Molenberghs (KU Leuven et UHasselt). «Supposons que 1% des infections soient la variante britannique, il y a de fortes chances que vous ne trouviez rien avec cet échantillonnage aléatoire. À partir d'une part de 2 %, il y a déjà de bonnes chances que vous choisissiez B.1.1.7."
Il existe une certaine incertitude quant à la part exacte des nouvelles variantes de virus dans le nombre total d'infections. "Si 10% des cas positifs impliquent la variante britannique et que vous enquêtez sur 2% des cas, vous avez 95% de chances de trouver une valeur comprise entre 6 et 14%", calcule Molenberghs. Ces chiffres exacts ne sont pas cruciaux lorsqu'il s'agit de décider d'éventuelles mesures supplémentaires. «Dans tous les cas, le séquençage est un processus lent, qui prend sept à dix jours par échantillon», explique Van Gucht. "Pour les décisions aiguës, nous devons encore être guidés par des données épidémiologiques telles que le nombre d'infections et le nombre de reproduction."
'Si vous hésitez entre attendre ou agir, choisissez d'agir.' Bio-statisticien Geert Molenberghs (KU Leuven et UHasselt)
Les variantes britannique et sud-africaine du nouveau virus corona ont maintenant été trouvées à plusieurs reprises chez des personnes qui n'ont pas voyagé. Cela indique une circulation au sein de la population. « Dans ce cas, le pourcentage de cas concernés n'a pas vraiment d'importance », déclare Molenberghs. « Le message est de ne pas perdre de temps, car cela peut aller très vite. Si vous hésitez entre attendre ou agir, choisissez d'agir."
En plus de l'échantillonnage de base, des «cas spéciaux» ciblés sont étudiés plus en détail. Par exemple, lors d'épidémies explosives inexpliquées, où l'on soupçonne qu'une variante virale plus contagieuse est impliquée. Le test standard qui détermine une infection covid donne également un indice. Le test recherche trois morceaux d'ARN du génome du virus. Parce que la variante britannique a un certain nombre de mutations dans l'un de ces trois gènes, le test donne un résultat négatif pour le gène en question - le gène S. Le test détecte les deux autres morceaux d'ARN. "Un résultat aussi déviant peut indiquer une contamination par la variante britannique", déclare Van Gucht. "Mais d'autres variantes de virus ont également des mutations dans le gène S. Des recherches plus approfondies sont donc nécessaires."
Lors d'épidémies majeures, l'analyse du génome peut aider à reconstituer la distribution. « Le génome du coronavirus est long d'environ 30 000 bases. Des mutations peuvent survenir à chaque augmentation et avec le SRAS-CoV-2, il y en a en moyenne deux par mois. Sur cette base, vous pouvez cartographier les relations et les chaînes de transmission. En cas d'épidémie explosive dans un centre de soins pour bénéficiaires internes, s'agit-il d'une seule variante ou plusieurs variantes sont-elles entrées en même temps ? »
Quels cas sont encore éligibles pour le séquençage ? "Une infection prolongée peut permettre au virus de se multiplier longtemps dans l'organisme et d'accumuler des mutations", explique Van Gucht. «Il est possible que la variante britannique – avec exceptionnellement plus de vingt mutations – ait ainsi pu apparaître chez des patients dont le système immunitaire était affaibli. Il est donc intéressant d'étudier le génome du virus dans un tel cas. Ceci s'applique également lorsque les traitements ne fonctionnent pas. Cela peut indiquer que le virus s'est génétiquement adapté par le biais de mutations aux endroits où les inhibiteurs du virus ou les anticorps se lient."
Pour l'instant, il a été décidé de tout séquencer ensemble - échantillonnage de base et cas particuliers - au maximum un millier d'échantillons par semaine, Van Gucht le sait. « Nous n'avons pas besoin de connaître toutes les variantes. Les variantes et tendances dominantes sont particulièrement importantes. Aucune décision finale n'a encore été prise quant au nombre exact à séquencer.'
"Il est certain que lorsque des personnes vaccinées sont infectées, nous devons bien caractériser ces virus." virologue Steven Van Gucht (Sciensano)
Van Gucht souligne l'importance croissante de la recherche sur le génome à mesure que de plus en plus de personnes sont vaccinées. « À mesure que la couverture vaccinale augmente, la pression exercée sur le virus pour qu'il mute augmente également. Jusqu'à présent, cette pression était faible, car le virus a trouvé un hôte approprié chez presque tout le monde. Il existe un risque que le virus mute aux endroits où les anticorps se lient. Il existe une vingtaine de sites de liaison d'anticorps sur la protéine épineuse, certains plus importants que d'autres. Certes, lorsque des personnes vaccinées sont infectées, nous devons caractériser correctement ces virus et éventuellement enquêter plus avant. Si un tel virus peut échapper à l'immunité et, de plus, menacer de devenir dominant, il peut être nécessaire d'adapter les vaccins. Nous devons surveiller ces développements de près.'
