Certains micro-organismes de notre flore intestinale accompagnent l'humanité depuis des millions d'années, hérités de nos ancêtres.
Les scientifiques découvrent de plus en plus l'importance cruciale de notre microbiote intestinal, lié au système immunitaire, au poids corporel et bien d'autres facteurs. Une équipe internationale de chercheurs publie dans la revue Science une étude démontrant que certaines bactéries intestinales ont co-évolué avec nous, présentes dans l'intestin de nos ancêtres depuis des millions d'années.
Les chercheurs ont analysé des échantillons de matières fécales humains, de chimpanzés, de bonobos et de gorilles. Ils ont examiné les mutations d'un gène bactérien spécifique commun à tous ces échantillons. Ces mutations, survenant à un rythme régulier, servent de "horloge moléculaire" : peu de différences indiquent une divergence récente, tandis que de nombreuses mutations signalent un ancêtre commun lointain.
Les résultats révèlent que, pendant que bonobos, chimpanzés, gorilles et humains divergeaient en nouvelles espèces, leurs bactéries intestinales co-évoluaient en souches distinctes. Une branche bactérienne s'est séparée il y a environ 15,6 millions d'années, coïncidant avec la divergence des gorilles des autres hominidés. Une autre a émergé il y a 5,3 millions d'années, lors de la séparation de nos ancêtres des lignées des chimpanzés et bonobos.
L'arbre phylogénétique de notre flore intestinale reflète étroitement celui des hominidés, particulièrement pour les familles Bacteroidaceae et Bifidobacteriaceae. En revanche, les Lachnospiraceae ont changé d'hôte au moins quatre fois, probablement grâce à leur capacité à former des spores résistantes, facilitant leur transmission.
Avant cette étude, il restait incertain si notre microbiote provenait de l'environnement ou d'une co-évolution millénaire. Les chercheurs confirment cette dernière hypothèse, notant que changements de mode de vie ou d'alimentation n'ont pas altéré drastiquement cette relation.
Nous acquérons nos premières bactéries de notre mère à la naissance et par contacts sociaux ultérieurs. Ces mécanismes expliquent la co-évolution durable entre humains et leur microbiote intestinal.
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