Le nombre d'échantillons positifs au Covid-19 dont le génome est séquencé ne cesse d'augmenter. Cela permet non seulement de suivre la propagation de variants plus contagieux, mais aussi de surveiller la réponse du virus aux traitements et aux vaccins. « À mesure que de plus en plus de personnes sont vaccinées, la pression sélective pour que le virus mute s'intensifie », explique le virologue Steven Van Gucht de Sciensano.
Le mois dernier, le gouvernement fédéral a décidé d'étendre le séquençage du génome du SARS-CoV-2. Actuellement, environ 400 tests positifs par semaine sont analysés, avec un objectif de 2 % de l'ensemble des échantillons positifs, soit environ 2 000 par jour en Belgique.
Que nous apprennent ces analyses ? « L'étude de 2 % des échantillons positifs, représentatifs des régions et âges, donne un aperçu fiable de la circulation de nouvelles variantes comme la "britannique" B.1.1.7 », précise Steven Van Gucht. « Bien que plus contagieuse, son impact exact en Belgique reste à préciser. Sa rapide propagation au Royaume-Uni et en Irlande pourrait résulter de mesures assouplies ou d'avantages génétiques. »
Cette décision de séquencer 2 % des positifs est pragmatique, selon le biostatisticien Geert Molenberghs (KU Leuven et UHasselt). « C'est ce qui est réalisable actuellement. Avec 1 % d'infections par la variante britannique, un échantillonnage aléatoire à 2 % offre de bonnes chances de la détecter. »
L'incertitude persiste sur la proportion exacte des nouvelles variantes. « Si elles représentent 10 % des cas et que l'on analyse 2 %, on a 95 % de chances d'estimer entre 6 et 14 % », calcule Molenberghs. Ces précisions ne sont pas essentielles pour les mesures urgentes, qui reposent sur les données épidémiologiques comme le nombre d'infections et le Rt. Le séquençage prend 7 à 10 jours par échantillon.
« Si vous hésitez entre attendre ou agir, choisissez d'agir. » Biostatisticien Geert Molenberghs (KU Leuven et UHasselt)
Les variantes britannique et sud-africaine circulent localement, sans lien avec des voyages. « Leur proportion exacte importe peu ; l'important est d'agir vite, car cela peut s'emballer rapidement », insiste Molenberghs.
Outre l'échantillonnage de base, des "cas spéciaux" sont priorisés : épidémies explosives suspectes de variant contagieux, ou tests standards déviants. Ce test cible trois segments d'ARN viral ; la variante britannique mute sur le gène S, yielding un résultat négatif partiel. « Cela suggère B.1.1.7, mais d'autres variants mutent aussi là ; une confirmation est nécessaire », note Van Gucht.
En cas d'épidémies majeures, le séquençage reconstruit les chaînes de transmission. Le génome SARS-CoV-2 compte ~30 000 bases, avec ~2 mutations mensuelles, permettant de tracer les liens.
Autres cas prioritaires : infections prolongées chez immunodéprimés (risque de mutations multiples, comme les >20 de B.1.1.7) ou échecs thérapeutiques indiquant une adaptation virale aux inhibiteurs ou anticorps.
Au total, jusqu'à 1 000 échantillons par semaine sont visés, combinant base et spéciaux. « Nous priorisons les variants dominants ; le nombre exact reste à finaliser », indique Van Gucht.
« Il est certain que lorsque des personnes vaccinées sont infectées, nous devons bien caractériser ces virus. » Virologue Steven Van Gucht (Sciensano)
Avec la vaccination massive, le séquençage gagne en importance. « La pression pour muter croît, car le virus perd des hôtes naïfs. Des mutations sur les sites d'anticorps de la protéine spike (~20 sites) pourraient émerger. Chez les vaccinés infectés, nous devons analyser ces virus. Si un variant échappe à l'immunité et domine, adapter les vaccins sera nécessaire. Une surveillance étroite s'impose. »
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