Un nouveau système d'apprentissage automatique promet d'étouffer les futures épidémies dans l'œuf.
Quelles espèces de mammifères un nouveau virus pourrait-il infecter chez l'humain ? Des chercheurs de l'Université de Liverpool ont développé un algorithme d'apprentissage automatique pour le prédire. Ce système a identifié plus de 20 000 liens inédits entre virus connus et mammifères potentiellement hôtes.
Selon des estimations récentes, les mammifères transmettent des milliers de types de virus, dont seulement 1 % est connu. Selon les virus, les maladies infectieuses ont un réservoir limité ou étendu. Les virus de l'immunodéficience comme le VIH (SIDA humain) et le FIV (SIDA félin) infectent peu d'espèces. À l'opposé, le virus de la rage et le SARS-CoV-2 se propagent chez de nombreuses espèces animales. Ces deux virus sont zoonotiques, capables de passer de l'animal à l'homme.
L'étude révèle que les liens entre virus zoonotiques connus, mammifères sauvages et humains sont cinq fois plus nombreux que prévu. Les chauves-souris et rongeurs présentent particulièrement plus de connexions avec des virus transmissibles à l'homme. Le modèle prévoit aussi une multiplication par cinq des liens entre virus de mammifères sauvages et ceux du bétail ou des animaux de compagnie. Le manque de données sur certaines espèces accroît le risque de passer à côté de porteurs potentiels.
Image : Réseaux d'interactions observées et prédites entre mammifères hôtes sauvages/semi-domestiques et virus connus. Crédit : Maya Wardeh
Les chercheurs explorent l'extension du modèle à la transmission via tiques et insectes, pour mieux cibler les interventions lors d'apparition de virus impliquant invertébrés, oiseaux et mammifères.
Source : Université de Liverpool, Royaume-Uni
