Une nouvelle méthode innovante permet de détecter pratiquement n'importe quel virus dans des échantillons de tissus.
VirCapSeq-VERT : une plateforme de séquençage capable de détecter et d'identifier presque tous les virus dans des échantillons de tissus.
Quand les médecins suspectent une infection virale, ils recourent souvent à la PCR (amplification en chaîne par polymérase). Cette technique amplifie les fragments d'ADN jusqu'à obtenir un échantillon analysable, mais elle nécessite de connaître à l'avance le virus ciblé, ce qui peut s'avérer complexe.
La méthode VirCapSeq-VERT (plateforme de séquençage de capture de viromes pour les virus de vertébrés) supprime ces incertitudes. Elle identifie quasiment tous les virus présents dans de minuscules échantillons de salive, de tissus ou de liquide céphalo-rachidien. En seulement 48 heures, jusqu'à 21 échantillons peuvent être analysés simultanément, à un coût inférieur à 200 euros par échantillon. Elle détecte même les virus mutés partageant au moins 40 % d'identité avec des variants connus. « Effectuer une batterie de tests aux urgences coûte des milliers de dollars », explique l'auteur principal, l'épidémiologiste W. Ian Lipkin de l'Université Columbia. « Cette approche est très économique et permet une médecine personnalisée : vous savez précisément ce qui ne va pas. »
L'équipe a d'abord compilé une base de données regroupant plus de 1 000 virus affectant les vertébrés. Ils ont ensuite conçu deux millions de sondes géniques – de courts fragments d'ADN ou d'ARN de 25 à 50 nanomètres – chacun correspondant à une séquence virale spécifique. Ces sondes se lient sélectivement aux virus correspondants. Les chercheurs utilisent des billes magnétiques (1 à 3 microns de diamètre) pour isoler les virus : un lieur chimique fixe la bille à la sonde et au virus. Placé dans un support magnétique, l'ensemble est aisément extrait. Pour éviter les faux positifs, les virus isolés sont séquencés. Lipkin et son équipe recherchent un partenaire industriel pour déployer cette technologie en milieu hospitalier et l'étendre aux bactéries et champignons pathogènes.
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