Candida auris et d'autres champignons pathogènes font ensemble plus de victimes que le paludisme, et les médicaments ne peuvent plus rivaliser avec leur résistance croissante. Pourtant, personne ne semble en perdre le sommeil.
Diverses espèces de champignons vivent dans ou sur notre corps. Là, ils accomplissent des tâches utiles, par exemple pour notre digestion. Mais au sein de la gigantesque diversité des champignons, environ trois cents variants pathogènes ciblent l'homme. Ils provoquent des infections, qui sont généralement limitées à des conditions superficielles. Ils sont ennuyeux, mais pas plus que ça.
Une infection vaginale apparemment ordinaire peut devenir mortelle
Nous associons généralement les champignons aux infections de la peau, des ongles, des cheveux, de la bouche et des organes génitaux - jusqu'à un quart de toutes les infections du corps sont l'œuvre de champignons. Sous les formes d'eczéma du baigneur, de mycose des ongles et d'infections intimes à Candida, elles touchent une grande partie de la population. Plus de la moitié des femmes subissent au moins une infection vaginale à Candida pendant la période fertile.
Certaines espèces sont moins inoffensives. Ils pénètrent dans la circulation sanguine ou affectent les organes. Ces infections invasives peuvent entraîner de graves complications, entraînant souvent la mort. Le champignon le plus répandu chez l'homme est le Candida albicans. Il se produit sur la peau et dans le système digestif des individus en bonne santé, où il vit comme un hôte inoffensif. Mais s'il pénètre dans la circulation sanguine, il provoque une infection mortelle dans plus de la moitié des cas.
Chez l'homme, Candida, Aspergillus, Pneumocystis et Cryptococcus sont les principaux pathogènes fongiques invasifs. Ces champignons sont généralement des agents pathogènes « opportunistes », provoquant une infection lorsque l'occasion se présente. Cette chance est généralement un système immunitaire affaibli. Les cibles potentielles sont les personnes gravement malades, les personnes âgées, les jeunes enfants, les malades du SIDA et les patients subissant une chimiothérapie ou une intervention chirurgicale majeure. Leur système immunitaire ne fonctionne pas pleinement, ce qui les rend sensibles à une infection invasive. Un exemple en est l'augmentation massive des infections pulmonaires à Pneumocystis et de la méningite à la suite d'une infection à cryotocoque, lors de l'épidémie de VIH dans les années 1980.
Les infections fongiques chez l'homme sont en augmentation dans le monde entier. Paradoxalement, cela tient en partie aux progrès de la médecine. Le nombre de patients et de personnes âgées dont le système immunitaire est affaibli augmente – les plus de 80 ans sont le groupe d'âge qui connaît la croissance la plus rapide au monde. En conséquence, davantage de personnes sont susceptibles d'être infectées par des agents pathogènes «opportunistes». En raison de la mondialisation et de l'urbanisation, davantage de personnes entrent en contact les unes avec les autres et ces agents pathogènes se propagent plus rapidement.
Il est tout aussi alarmant de constater que de plus en plus de ces champignons développent une résistance aux médicaments antimicrobiens. Comme pour les bactéries, les virus ou les parasites, la résistance résulte généralement d'une adaptation génétique ou d'une mutation dans l'ADN du champignon. Un médicament qui était auparavant efficace ne fonctionne plus soudainement. C'est déjà arrivé avec les échinocandines, un médicament contre les infections fongiques du sang. Le médicament attaque une protéine du champignon qui est responsable de la synthèse de la paroi cellulaire. Certaines mutations du gène qui code pour cette protéine permettent à la protéine de prendre une forme différente et de ne plus être sensible aux attaques du médicament. Le champignon est devenu résistant.
L'agriculture est également à blâmer pour la résistance croissante, car elle utilise trop de fongicides. Parmi ces fongicides, 26 % sont des azoles, une substance utilisée dans les médicaments de première intention contre les infections fongiques. Il semble que l'utilisation d'azoles en agriculture ait favorisé la résistance de champignons tels que Aspergillus fumingatis. Cette espèce est présente dans les champs, les forêts et sur les tas de compost, et peut également infecter les humains.
Le développement de la résistance chez les champignons est un exemple d'évolution rapide. Parce que les micro-organismes tels que les champignons ont un génome très plastique et se divisent rapidement, des mutants se forment rapidement. La reproduction asexuée (par bourgeonnement chez les levures unicellulaires ou par production de spores chez les champignons filamenteux) permet à la résistance de se propager rapidement. La reproduction sexuée conduit à son tour à la réorganisation et à l'échange de matériel génétique qui peut favoriser davantage le développement de la résistance. Différentes espèces de champignons ont développé une résistance à divers médicaments, ce qui signifie que les patients peuvent difficilement ou pas être traités. Par exemple, une infection vaginale à Candida apparemment ordinaire et facilement traitable peut soudainement constituer une menace sérieuse pour une patiente affaiblie si cette souche est devenue résistante au traitement standard.
L'exposition à un médicament pendant une période trop courte et/ou à une concentration trop faible pour éradiquer toute la population de microbes crée la possibilité que les cellules qui ont accidentellement acquis une mutation de résistance puissent survivre et repeupler le corps.
Dans certains hôpitaux européens, une résistance aux azoles (les azoles tels que le fluconazole sont les médicaments les plus couramment utilisés pour traiter les infections fongiques) a été observée dans 30 % de tous les isolats d'Aspergillus, associée à un taux de mortalité de 90 %. Mais certains champignons sont naturellement plus résistants à certains antifongiques. Un exemple de ceci est Candida glabrata, la deuxième espèce de Candida la plus courante après Candida albicans, qui est intrinsèquement résistante au fluconazole. Les champignons peuvent également devenir résistants à plusieurs antifongiques à la fois. C'est ce qu'on appelle la multirésistance.
Les champignons peuvent devenir résistants à plusieurs médicaments à la fois. C'est ce qu'on appelle la multirésistance. En 2009, le « super champignon » Candida auris a été découvert en tant que nouvelle espèce au Japon. Il s'est répandu dans le monde entier en seulement dix ans et a été observé pour la première fois en Belgique en 2016. Candida auris est l'une des rares espèces pathogènes fongiques qui peuvent devenir résistantes à toutes les classes cliniques de médicaments antifongiques. De plus, Candida auris est extrêmement pathogène :une infection invasive entraîne la mort chez un tiers des patients. Parce que Candida auris a déjà causé plusieurs infections hospitalières, on l'appelle aussi le premier "champignon hospitalier".
La crise mondiale de la résistance aux antibiotiques et l'augmentation des bactéries résistantes telles que Mycobacterium tuberculosis et des bactéries hospitalières telles que Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline sont bien connues. Mais il y a de fortes chances que vous ayez récemment lu des gros titres traitant de la crise de la résistance et de la menace mondiale des infections fongiques. Cependant, les infections fongiques font chaque année plus de morts que le cancer du sein ou le paludisme.
Par rapport à la vaste gamme d'antibiotiques, la gamme d'antifongiques est très limitée. Cela n'aide pas que les médias ignorent plus ou moins les champignons mortels. Mais il n'y a pas non plus d'attention du monde de la recherche. Moins de dix pays ont un programme national de surveillance des infections fongiques et moins de vingt pays ont des laboratoires de référence pour le diagnostic des champignons. Dans son rapport mondial sur la surveillance de la résistance aux antimicrobiens, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) regroupe les informations connues sur la crise de la résistance aux maladies infectieuses. Seulement 10% de ce rapport concerne les champignons. L'OMS n'a pas de projets de financement spécifiques pour lutter contre les infections fongiques. Ce manque de ressources et d'attention se traduit par un suivi médiocre et un manque de recherche.
Pourquoi négligeons-nous un phénomène aussi meurtrier et répandu ? Il y a plusieurs explications à ce sujet. Les humains récoltent et cultivent des champignons à des fins alimentaires depuis la préhistoire. Et depuis l'Antiquité, on associe divers champignons aux pouvoirs médicinaux. En 1928, les champignons ont révolutionné la médecine. Cette année-là, Alexander Flemming découvre le premier antibiotique :la pénicilline, qui est produite par le champignon Penicillium. À ce jour, nous menons des recherches sur les champignons pour les médicaments, des antibiotiques aux chimiothérapies anticancéreuses.
Comparez cela avec notre histoire avec les bactéries. Depuis que les scientifiques les ont "découvertes" au XIXe siècle et que la microbiologie est apparue, nous avons toujours décrit les bactéries comme des germes. Les champignons ont conservé leur image de micro-organismes plutôt inoffensifs et parfois utiles.
La perception contemporaine selon laquelle les champignons causent des maux inconfortables à leur pire découle également du fait que ces maux sont si courants. Parce que nous entrons si souvent en contact avec eux, nous oublions facilement à quel point ils peuvent être mortels. Cependant, les experts s'accordent à dire que les champignons constituent une menace pour la santé publique mondiale, l'approvisionnement alimentaire et la biodiversité.
La vitesse à laquelle les champignons développent une résistance est plus rapide que la vitesse à laquelle les médicaments sont découverts, développés et commercialisés. C'est parce que les cellules fongiques sont très similaires aux cellules d'autres organismes. Par exemple, comme les cellules végétales et animales, les cellules fongiques sont eucaryotes :elles contiennent un noyau cellulaire et des organes cellulaires. Recherchez ensuite les substances qui sont toxiques pour le champignon, mais pas pour les humains ou les plantes.
Il y a de l'espoir. Onze molécules sont actuellement en première ou deuxième phase clinique pour être développées en agents antifongiques. De plus, la médecine fait des progrès qui réduisent le risque d'infections fongiques opportunistes invasives. La recherche de nouveaux traitements contre le VIH et le sida et l'"ingénierie tissulaire" dans la transplantation d'organes qui empêchent le rejet pourraient réduire le nombre de patients dont le système immunitaire est affaibli.
Quoi qu'il en soit, nous devons continuer à investir dans la recherche sur les agents pathogènes fongiques et les nouveaux antifongiques - aujourd'hui et à l'avenir. Nous ne devons pas laisser dégénérer la crise des infections et des résistances.
