Nous sommes en mai 2003 lorsque Peter Rottier est convoqué à Bruxelles par l'ambassade de Chine. Peu avant, on découvrait qu'un coronavirus est à l'origine d'une nouvelle épidémie, qui a probablement débuté fin 2002 dans la province chinoise du Yunnan :le Syndrome Respiratoire Aigu Sévère , ou le SRAS. A cette époque, le virologue hollandais fait des recherches sur les coronavirus depuis près de vingt-cinq ans. "J'ai failli tomber de ma chaise quand il s'est avéré qu'il s'agissait d'un coronavirus", dit-il. "Il y a un monde avant le SRAS et un monde après le SRAS."
Etudiant, Rottier s'est inspiré de la biologie cellulaire grâce au livre Molecular Biology of the Gene , par Jim Watson, découvreur de la structure en double hélice de notre ADN. Après des recherches doctorales sur les virus des plantes, il entre en virologie. "Quand j'ai commencé mes recherches sur les coronavirus en 1979, on ne savait presque rien de ces virus. Les chercheurs les considéraient comme sans importance pour les humains. Certains coronavirus étaient connus pour infecter les humains, mais ils ne provoquaient que de légers rhumes. Ils étaient courants chez les animaux, y compris les poulets, les bovins et les porcs, et ils pouvaient causer des problèmes majeurs dans l'élevage. »
Les coronavirus sont donc restés longtemps sous le radar. Jusqu'en 2003. Puis ils sont soudainement devenus beaucoup plus intéressants.
Peter Rottier (°1947, Hontenisse) est professeur émérite de virologie à l'Université d'Utrecht. Il a étudié la biochimie à l'Université Radboud de Nimègue et son doctorat sur les virus végétaux à l'Université de Wageningen.
Tout au long de sa carrière, Rottier a principalement étudié les coronavirus, tant aux Pays-Bas qu'à l'American Salk Institute, au Scripps Research Institute et à l'Université de Yale. Il s'est principalement concentré sur la structure des virus et la façon dont ils pénètrent dans les cellules. Rottier a également développé des vaccins candidats pour les animaux qui font l'objet de recherches plus approfondies. Jusqu'en novembre 2019, il a occupé un poste à temps partiel à l'Académie des sciences agricoles de Shanghai, où il a dirigé des recherches sur les coronavirus chez les porcs.
« Les sauts de l'animal à l'homme étaient déjà connus pour d'autres familles de virus. Mais pour les coronavirus, on ne l'a pas vu venir. C'était bien sûr naïf, car à l'époque nous savions déjà quelque chose sur leur flexibilité. Pourtant, l'épidémie de SRAS en 2003 a été un choc. Et en 2012, l'épidémie de MERS s'est reproduite. Vous avez vu la même peur alors qu'aujourd'hui. Seules ces épidémies n'ont pas atteint la taille actuelle redoutée. »
« C'est lié aux propriétés du virus. Le virus du SRAS pénètre plus profondément dans les poumons que le SRAS-CoV-2 actuel, qui semble dominer plus haut dans les voies respiratoires. Le SRAS-CoV-2 provoque également un réflexe de toux plus puissant à cause de cela. En conséquence, il se propage plus facilement. Le virus MERS a également semblé conquérir le monde. Heureusement, nous avons pu le limiter en grande partie à l'Arabie saoudite. Cela se produit toujours, mais peu de patients en meurent. Cela peut être dû au fait que le virus a muté et s'est progressivement affaibli. »
"C'est généralement comme ça que ça se passe. Lorsqu'un virus se propage à un nouvel hôte, il entraîne généralement des symptômes très graves et même la mort. Mais si un tel virus peut survivre dans sa nouvelle population hôte, il aura la possibilité de muter. Et le processus de sélection darwinien favorise principalement les mutations qui facilitent la propagation du virus. Cela ne se passe pas si bien si vous tuez votre hôte dans les 24 heures. Il n'est pas dans l'intérêt d'un virus de tuer rapidement son hôte."
"C'est ce que je présume. Bien que nous ne puissions pas encore dire que le virus s'affaiblit. Par exemple, nous ne voyons pas que les virus que nous trouvons en nous sont moins virulents que leurs parents en Italie, d'où ils viennent. Ce processus pourrait prendre des années."
'Qui peut. C'est rare, car ce n'est pas dans l'intérêt du virus. Je ne peux pas penser à un exemple tout de suite.'
« Les coronavirus appartiennent aux virus à ARN, tout comme les virus de la grippe, le virus Zika et le virus Ebola. Leur matériel héréditaire est constitué d'ARN, contrairement aux virus à ADN. Ils sont très flexibles car l'enzyme qui copie leur génome est programmée pour faire des erreurs. Dans les cellules de notre corps, quelque chose comme ça serait dramatique et provoquerait des cancers. Mais pour les virus, c'est un avantage. En conséquence, ils sont capables de générer une progéniture légèrement différente à chaque fois. »
« Les virus dépendent de la cellule qu'ils infectent. Ce sont des choses mortes qui ne sont capables de rien qu'après avoir inséré leur code génétique dans une cellule et lui avoir ordonné de le copier. Statistiquement, l'enzyme qui fait cela fait environ une erreur aléatoire pour 10 000 bases (les éléments constitutifs de l'ARN, ndlr) † Le génome du coronavirus compte environ 30 000 bases. Si une particule virale infecte une cellule, environ des milliers de nouvelles particules virales sont libérées après dix à seize heures. Ils portent en moyenne trois mutations. De cette manière, de nouvelles versions du virus sont créées à chaque cycle de réplication. Certaines mutations sont nocives voire mortelles pour le virus, mais parfois il y en a une qui s'adapte mieux aux nouvelles circonstances.'
'Le virus n'est peut-être passé d'un animal à un humain qu'une seule fois. Nous subissons tous les conséquences de cet événement'
« La liaison à la cellule hôte est cruciale. Il y a des protéines à l'extérieur d'un virus. L'un d'eux est la protéine de pointe. Qui reconnaît un récepteur sur les cellules de l'hôte. Si le virus ne peut pas se lier à ce récepteur, il ne nous affectera pas. Par exemple, nous sommes constamment attaqués par des virus provenant de toutes sortes d'animaux, sans aucun problème.'
«Mais parfois, cela fonctionne, même sans que des mutations soient nécessaires. Le virus SARS-CoV-2 a été identifié chez des chauves-souris il y a sept ans par un chercheur chinois. Il se trouve que la protéine virale cruciale s'adapte également à notre récepteur. Pas parfait, mais assez bon pour entrer. Et puis le processus d'ajustement via les mutations peut commencer."
« Les cellules ne se contentent pas de laisser cela se produire, bien sûr, et elles réagissent par une réponse immunitaire aux envahisseurs. Les virus, à leur tour, ont développé des astuces pour contourner ces processus. C'est ainsi que se déroule une guerre incroyablement excitante."
'Non. Les pangolins ont été mentionnés, mais cela reste incertain. Sur la base de l'expérience des couronnes précédentes, un hôte intermédiaire semble probable, mais il est tout à fait possible que le virus ait fait le saut directement depuis la chauve-souris. Le virus du SRAS a fait le saut des chauves-souris à la civette, mais des analyses ultérieures ont montré qu'il aurait pu aller tout droit aussi. Si une telle chauve-souris survole et se soulage au mauvais endroit, par exemple sur de la laitue que vous ne lavez pas correctement, vous pouvez être infectée."
"C'est une affaire très intrigante ! Ces animaux semblent être capables de transporter toutes sortes de virus sans tomber eux-mêmes malades. Apparemment, ils ont un système immunitaire capable de tolérer tous ces virus à un niveau bas. Un tel animal est le terreau idéal pour les virus. Ils peuvent s'y reproduire et échanger de l'ARN entre eux. De temps en temps, il y en a un qui peut sauter par-dessus si on lui en donne l'occasion.'
« Oui, cette hypothèse tient toujours. La probabilité que deux sauts indépendants se produisent en si peu de temps est donc très faible. C'était peut-être un événement unique, dont nous portons tous les conséquences.'
«Nous constatons déjà des changements, en particulier dans la protéine de pointe avec laquelle le virus se lie à nos cellules. C'est un peu différent en France qu'en Italie. C'est aussi la région à laquelle les anticorps se lient et cela peut donc être un inconvénient. Parce qu'un vaccin générera des anticorps basés sur le courant protéine de pointe. Des changements dans cette protéine peuvent rendre les vaccins moins efficaces. Nous devrons l'ajuster de temps en temps.'
« Une fois qu'il y aura un tel vaccin et que le virus fera face à plus de vents contraires, la pression pour muter augmentera. La région où le virus se lie à nos cellules est constituée d'une douzaine d'acides aminés. Le virus a donc une certaine marge de manœuvre pour varier. Il semble que nous nous dirigions vers une bataille permanente contre un virus qui restera avec nous pour toujours. »
"La courbe des virus passant des animaux aux humains a fortement augmenté au cours des cinquante dernières années"
"Lorsque j'ai donné ma conférence d'adieu il y a quatre ans, j'ai dit que nous ne savions pas quand un nouveau coronavirus se présenterait, mais que ça se poserait. Les virologues sont d'accord là-dessus. Autant dire maintenant :cela se reproduira. D'autres virus continuent également de venir vers nous. La courbe des virus zoonotiques, qui passent de l'animal à l'homme, a fortement augmenté ces cinquante dernières années.'
« À quel point est-il malheureux de constater que la recherche s'est arrêtée si rapidement après une infection comme le SRAS ? Nous sommes maintenant coincés avec un virus qui est génétiquement identique à 78 % au virus du SRAS. Jusqu'à récemment, lorsque nous essayions d'obtenir des fonds pour la recherche de vaccins et de thérapies contre le virus du SRAS, ces ressources se tarissaient. Entre autres, nous avons travaillé sur une thérapie à base d'anticorps monoclonaux. Nous n'avons pas pu le développer davantage. Lorsque nous avons déterminé que le nouveau virus est si similaire au virus du SRAS, nous l'avons retiré et testé pour le SRAS-Cov-2. L'un d'eux s'en est très bien sorti et a été repris par une entreprise. Mais il reste encore un long chemin à parcourir. Si nous avions pu prendre des mesures supplémentaires plus tôt, nous aurions maintenant des anticorps prêts à l'emploi pour traiter les patients et protéger les personnes dans les hôpitaux. Lorsque la tempête sera passée, nous vous le rappellerons certainement."
'Non. Et le rôle des gouvernements est ici très important. Je peux comprendre que les grandes entreprises n'aient pas voulu investir dans un médicament de plusieurs millions de dollars qui pourrait ne jamais être nécessaire lorsque le SRAS a été rapidement maîtrisé. Mais les gouvernements doivent agir. Pour un certain nombre de virus, tels que le hendra, la grippe et les coronavirus, nous devons être préparés autant que possible. Les chercheurs sont déjà bien avancés dans le développement d'un vaccin universel contre les virus de la grippe. Il faut plus d'argent pour cela, mais c'est des cacahuètes par rapport à la facture d'un milliard de dollars qui approche maintenant.'
« Il est très difficile de prédire ce qui se passera ensuite. Une approche générique est donc utile. Prenez la chloroquine, le médicament antipaludéen qui est actuellement testé pour son efficacité contre le SRAS-Cov-2. Il y a eu des indications depuis bien plus longtemps que le médicament fonctionnerait contre divers virus, mais personne n'a encore étudié cela correctement. Il en va de même pour le remdesivir, un médicament qui a été étudié dans le cadre d'Ebola, mais qui n'a pas très bien fonctionné. Il était efficace contre d'autres virus, mais cette recherche n'a pas été approfondie. Par exemple, il y a beaucoup de ressources qui méritent des recherches plus approfondies afin que nous ayons quelque chose sur l'étagère la prochaine fois.'
"Différentes cibles sont envisageables. Vous pouvez cibler la région avec laquelle le virus se lie à nos cellules. C'est ce que font les anticorps monoclonaux. D'autres agents, comme le remdesivir, perturbent l'action de l'enzyme responsable de la copie du génome du virus. L'inconvénient est qu'un virus peut y échapper assez rapidement via des mutations. Plus préférablement, un agent cible une protéine dans l'hôte dont dépend le virus. Cependant, autant que je sache, un tel remède n'existe pas encore."
"Je m'attends à (rires) † Sinon nos politiciens sont vraiment des imbéciles. Cela restera dans les livres d'histoire, tout comme la grippe espagnole il y a un siècle."
'Même si nous laissons la nature tranquille, les virus continueront à venir vers nous'
« Notre comportement augmente certainement le risque de problèmes. Ce n'est pas un hasard si beaucoup de ces virus viennent d'Asie. Cela est largement lié aux habitudes alimentaires et à la manière dont les gens traitent les animaux. Un marché comme à Wuhan, où de nombreuses espèces animales sont regroupées dans des conditions insalubres, est idéal pour que les virus fassent les choses les plus folles. Le fait que la Chine semble envisager de restreindre ces marchés est une bonne chose. »
Cependant, un contact étroit n'est pas une condition nécessaire. Même si nous laissons la nature tranquille, ces écosystèmes resteront un réservoir à partir duquel les virus continueront de nous attaquer. »
'Sans aucun doute. Les virus provenant de poulets ou de porcs peuvent également causer des problèmes majeurs. Le virus de la grippe qui a causé la grippe mexicaine en 2009 en est le meilleur exemple. Il est originaire d'un porc d'un humain, d'un porc et d'un virus de la grippe aviaire. Nous n'appelons pas les porcs un creuset de virus pour rien. De cet échange d'ARN un nouveau virus est né. Cela montre que quelque chose comme ça ne doit certainement pas toujours provenir de la faune sauvage exotique. Les virus font aussi la fête dans nos écuries. Plus il y a d'animaux gardés ensemble dans une petite zone, plus il est facile pour les virus de circuler et plus il est probable que l'un d'eux sautera tôt ou tard aux humains. A ce titre, l'élevage intensif est un risque pour la santé publique.
"Certainement, mais même dans les entreprises bien gérées, il est presque impossible d'empêcher les virus d'entrer. Vous ne pouvez pas élever du bétail dans des conditions stériles. Peu importe à quel point vous essayez de le faire proprement et hygiéniquement, vous n'excluez vraiment pas ce genre de cas.
