Pourquoi la variante corona B.1.1.529 est rapidement devenue la variante inquiétante "omicron"

Vendredi, l'Organisation mondiale de la santé a ajouté une nouvelle variante inquiétante à sa liste :omicron. Que sait-on de cette nouvelle variante ?

Selon l'état actuel des analyses du génome, la nouvelle variante préoccupante (VOC) omicron existe depuis environ trois semaines. La variante corona peut provenir du Botswana et de l'Afrique du Sud. Elle s'est démarquée car elle s'y est propagée très rapidement. Dans la région sud-africaine de Gauteng, la proportion de tests positifs est passée de 1 % à 30 % en une semaine, et la grande majorité des infections se sont avérées être dues à la variante omicron.

Omicron ne descend pas de delta ou d'autres variantes récentes préoccupantes. Ceci est clairement visible dans l'arbre génétique sur le site Web Nextstrain à partir de la longue lignée sans ancêtres directs.

Omicron n'a pas moins de 32 mutations dans les gènes qui codent pour la protéine de la colonne vertébrale (à titre de comparaison :delta en a neuf). Un grand nombre de mutations ne rend pas nécessairement une variante virale plus efficace, mais de nombreuses mutations d'omicron dans le domaine de liaison au récepteur et le domaine N-terminal sont déjà connues d'autres variantes préoccupantes. Ils pourraient jouer un rôle clé dans la liaison de la protéine de la colonne vertébrale au récepteur humain ACE2 et dans sa reconnaissance par les anticorps.

Certaines mutations importantes qui ont été identifiées dans omicron garantissent, entre autres, que la transmissibilité et la charge virale sont plus élevées et que le virus peut échapper plus facilement au système immunitaire inné.

Présentation :les principales mutations d'omicron

• La délétion aux positions S:H69- et S:V70, qui se produit également en alpha et êta, conduit à ce que le soi-disant test S, l'un des trois marqueurs des tests PCR, soit négatif. Cela garantit qu'omicron est facile à reconnaître avec le test PCR standard. Afin d'exclure la possibilité qu'il s'agisse de l'alpha, de l'eta ou d'une autre variante, l'échantillon doit être examiné plus avant.
• Un groupe de mutations au site de clivage de la furine S1S2 (S:H655Y, S:N679K, S:P681H) améliore la transmissibilité.
• La combinaison des mutations S:Q498R et S:N501Y a augmenté l'affinité de liaison à l'ACE2 in vitro.
• Une suppression de 3 acides aminés dans ORF1a à ORF1a :L3674, ORF1a :S3675- et ORF1a :G3676-, qui se produit également dans alpha, bêta, gamma et lambda, peut aider à échapper au système immunitaire inné.
• Deux mutations de l'enveloppe protéique du virus, N:R203K et N:G204R, se sont avérées associées à une augmentation de la charge virale chez les personnes infectées.

Il n'est pas encore certain que la variante omicron vous rende très malade, bien que la plupart des patients africains semblent avoir un tableau clinique bénin pour le moment. Les virologues étudient les mutations qui n'étaient pas encore connues pour voir comment elles pourraient affecter la transmissibilité et l'évolution de la maladie.

Virologues travaillant avec omicron

L'avantage de la mutation qui donne le test S négatif (voir encadré :Aperçu :les mutations les plus importantes d'omicron) , est qu'un premier dépistage rapide d'omicron peut déjà être effectué dans les résultats du test PCR. Cependant, la suppression se produit également dans d'autres variantes, donc une analyse complète du génome est nécessaire pour s'assurer qu'il s'agit bien d'omicron.

Alors que les mutations peuvent rendre les vaccins moins efficaces, les virologues disent qu'il est peu probable qu'ils ne fonctionnent pas du tout contre cette variante. Omicron envahit toujours nos cellules avec la protéine de la colonne vertébrale via le récepteur ACE2, et nos anticorps reconnaissent probablement encore des parties de la protéine de la colonne vertébrale. D'ailleurs, les fabricants de vaccins testent dès que possible l'efficacité de leurs vaccins contre l'omicron.

Omicron est également apparu en Europe, en Asie, au Moyen-Orient, au Canada et en Australie. Le site d'information américain BNO fournit un aperçu à jour des cas confirmés et suspects. De nombreux scientifiques ne sont donc pas satisfaits des interdictions d'entrée des pays africains imposées par divers pays.

Après tout, la communication ouverte des scientifiques d'Afrique du Sud et du Botswana a fait en sorte que la variante omicron soit immédiatement suivie de près. «La récompense d'un bon travail scientifique et d'une communication ouverte est apparemment une interdiction d'entrée pour vos compatriotes. Ce n'est pas ainsi qu'on encouragera la recherche sur le covid."

Pourquoi omicron s'appelle omicron

Les variantes majeures précédentes du virus étaient souvent désignées par le nom du pays où elles ont été identifiées pour la première fois, comme les variantes britanniques et brésiliennes. Pour éviter la stigmatisation, l'OMS a décidé de donner aux nouvelles variantes importantes une lettre grecque, comme delta. Bien que la prochaine lettre disponible dans l'alphabet grec soit "maintenant", cette lettre a été omise pour éviter toute confusion avec le mot anglais "nouveau". La lettre suivante, "xi", a également été ignorée car "xi" est également un nom de famille chinois courant.

[]