Les bactéries qui colonisent notre corps pourraient-elles bientôt produire des médicaments contre le diabète, le cancer du côlon, les rhumatismes ou la sclérose en plaques ?
Chaque centimètre carré de notre peau et de nos muqueuses abrite des milliards de bactéries. Les scientifiques désignent cet écosystème par le terme de microbiote humain, transformant l'homme en un écosystème ambulant. Au fil de l'évolution, notre organisme a développé des relations symbiotiques étroites avec ces micro-organismes. Ils constituent aujourd'hui un prolongement essentiel de notre système digestif et immunitaire : ils influencent l'absorption des nutriments et des médicaments, produisent des vitamines, stimulent le système immunitaire et communiquent avec les cellules nerveuses et hormonales de nos intestins.
La composition du microbiote a un impact majeur sur la santé. Les personnes présentant un microbiote appauvri – faible en quantité et en diversité d'espèces – sont plus vulnérables aux inflammations intestinales, allergies et obésité. De nombreux experts estiment que le microbiote peut servir de biomarqueur diagnostique et de cible thérapeutique. Des études montrent en effet que l'introduction de souches bactériennes spécifiques peut traiter divers troubles.
En 2010, le chercheur Jeff Gordon, de l'Université de Washington à Saint-Louis (États-Unis), a transplanté le microbiote intestinal d'une souris obèse et d'une souris normale à des souris germ-free. Celles recevant les bactéries "obèses" ont pris du poids, tandis que les autres non. Inversement, des souris obèses ont normalisé leur poids après réception du microbiote d'une souris saine. Les greffes fécales, qui remplacent la flore intestinale défaillante par celle d'un donneur sain, s'avèrent prometteuses pour les infections chroniques comme la maladie de Crohn ou la colite. Elles surpassent les antibiotiques : ces derniers réussissent dans seulement 25 % des cas contre 90 % pour les greffes contre Clostridium difficile.
Investissements pharmaceutiques
À l'exception des greffes fécales, la plupart des thérapies microbiotiques sont encore en phase de recherche. Cependant, les géants pharmaceutiques s'y intéressent vivement. Début du mois, Pfizer s'est associé à la biotech américaine Second Genome pour analyser les microbiotes de 900 personnes, dont des patients atteints de maladies métaboliques. Second Genome collabore aussi avec Janssen Pharmaceutica (Beerse) sur les maladies inflammatoires intestinales.
La société française Enterome investit 10 millions d'euros dans un test prédictif du risque de cancer du côlon, diabète de type 2 ou maladie du foie, basé sur la composition bactérienne. Miomics (États-Unis) développe un traitement utilisant Prevotella histicola pour atténuer l'inflammation dans la sclérose en plaques ou la polyarthrite rhumatoïde.
ActoGeniX (Gand) va plus loin : elle a modifié génétiquement une bactérie commensale pour qu'elle produise l'interleukine-10, une protéine qui module le système immunitaire. Cette approche cible la colite ulcéreuse et la maladie de Crohn, où l'immunité est hyperactive. Testée avec succès sur modèles animaux et dans une première étude clinique à l'AMC d'Amsterdam, elle offre des perspectives encourageantes.
Redémarrage du microbiote
Ces investissements traduisent la conviction du secteur pharmaceutique en le potentiel du microbiote comme outil diagnostique et "usine à médicaments" personnalisée. D'ici quelques années, les thérapies microbiotiques pourraient devenir courantes. "À l'avenir, les médecins interrogeront d'abord le microbiote de leurs patients pour affiner diagnostics et prescriptions", prévoit le bioinformaticien Jeroen Raes (VUB et VIB), pionnier du séquençage du microbiote intestinal, élu percée de l'année 2011 par Science. Des bases de données de microbiotes sains sont en développement : en cas de dysbiose, un "redémarrage" par réintroduction de la flore originelle serait possible.
