Candida auris et d'autres champignons pathogènes causent plus de décès que le paludisme, tandis que leur résistance croissante aux médicaments rend les traitements inefficaces. Pourtant, cette menace reste largement ignorée.
De nombreuses espèces de champignons coexistent pacifiquement dans ou sur notre corps, aidant par exemple à la digestion. Parmi la vaste diversité fongique, environ 300 variants pathogènes ciblent l'humain, provoquant souvent des infections superficielles, gênantes mais bénignes.
Une infection vaginale banale peut devenir mortelle.
Les champignons sont fréquemment associés aux mycoses cutanées, unguéales, capillaires, buccales ou génitales : jusqu'à un quart des infections corporelles sont fongiques. Eczéma marginé, onychomycose ou candidoses intimes touchent une large population. Plus de la moitié des femmes connaissent au moins une candidose vaginale durant leur vie fertile.
Certaines espèces sont plus dangereuses, pénétrant la circulation sanguine ou les organes, avec des complications graves voire fatales. Candida albicans, le plus courant, vit inoffensivement sur la peau et dans le tube digestif des personnes saines, mais une dissémination sanguine est mortelle dans plus de 50 % des cas.
Chez l'humain, Candida, Aspergillus, Pneumocystis et Cryptococcus dominent les infections fongiques invasives. Ces pathogènes opportunistes frappent quand le système immunitaire est affaibli : patients gravement malades, personnes âgées, nourrissons, séropositifs ou sous chimiothérapie/chirurgie lourde. L'épidémie de VIH dans les années 1980 a vu exploser les pneumocystoses pulmonaires et les méningites à Cryptococcus.
Les infections fongiques augmentent mondialement, paradoxalement grâce aux progrès médicaux. Le nombre de patients immunodéprimés croît, notamment chez les plus de 80 ans, groupe démographique en expansion rapide. La mondialisation et l'urbanisation favorisent la propagation.
Plus alarmant encore : la résistance aux antifongiques explose, via mutations génétiques rendant les traitements obsolètes, comme pour les échinocandines qui ciblent la paroi cellulaire fongique.
L'agriculture contribue au problème par l'usage massif de fongicides, dont 26 % d'azoles – mêmes molécules que les antifongiques humains. Cela a favorisé la résistance d'Aspergillus fumigatus, présent dans les sols, forêts et composts, et pathogène pour l'homme.
La résistance fongique illustre une évolution fulgurante : génomes plastiques, divisions rapides et reproductions asexuées/sexuées propagent vite les mutants. Des souches multirésistantes compliquent ou empêchent les traitements ; une candidose vaginale anodaine peut menacer une patiente immunodéprimée.
Une exposition insuffisante aux antifongiques sélectionne les résistants.
Dans certains hôpitaux européens, 30 % des Aspergillus isolés résistent aux azoles (comme le fluconazole), avec 90 % de mortalité. Candida glabrata est intrinsèquement résistante au fluconazole. La multirésistance est courante.
En 2009, Candida auris émerge au Japon, se propageant mondialement en dix ans (Belgique : 2016). Résistant à toutes les classes d'antifongiques, il tue un tiers des patients infectés invasivement et cause des épidémies nosocomiales, d'où son surnom de "champignon hospitalier".
La crise des antibiotiques est médiatisée, mais les infections fongiques, plus létales que le cancer du sein ou le paludisme, sont négligées. Seulement 10 % du rapport OMS sur la résistance antimicrobienne les concerne ; peu de surveillance nationale ou laboratoires dédiés.
Les champignons, associés depuis la préhistoire à l'alimentation et la médecine (pénicilline en 1928), gardent une image bienveillante, contrairement aux bactéries "germes" du XIXe siècle. Leur omniprésence masque leur dangerosité. Les experts les classent pourtant menace pour la santé publique, l'agriculture et la biodiversité.
Les champignons évoluent plus vite que les nouveaux antifongiques, compliqués par la similitude cellulaire eucaryote avec les cellules humaines/végétales.
L'espoir renaît : 11 molécules en phases cliniques I/II. Les avancées en VIH, greffes et ingénierie tissulaire réduiront les immunodéprimés.
Investir massivement dans la recherche fongique est impératif pour contrer cette crise. []
