L'Organisation mondiale de la Santé (OMS) a classé la variante Omicron comme variante préoccupante (VOC) le vendredi dernier. Que savons-nous précisément de cette nouvelle souche du SARS-CoV-2 ?
Les analyses génomiques indiquent que Omicron circule depuis environ trois semaines, probablement originaires du Botswana et d'Afrique du Sud. Elle s'est distinguée par sa propagation fulgurante : dans la région sud-africaine de Gauteng, la proportion de tests positifs est passée de 1 % à 30 % en une semaine, la grande majorité des cas étant attribués à Omicron.
Omicron ne dérive pas de Delta ni d'autres VOC récentes, comme le montre clairement l'arbre phylogénétique sur Nextstrain, avec une lignée longue sans ancêtres directs.
Omicron présente au moins 32 mutations sur le gène codant la protéine Spike (contre 9 pour Delta). Bien que le nombre seul ne garantisse pas une plus grande contagiosité, plusieurs mutations dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) et le domaine N-terminal sont déjà connues d'autres VOC. Elles pourraient influencer la liaison au récepteur ACE2 humain et l'évasion immunitaire.
Certaines mutations clés d'Omicron augmentent potentiellement la transmissibilité, la charge virale et la capacité à échapper à l'immunité innée.
Principales mutations d'Omicron :
La sévérité reste incertaine, les cas sud-africains paraissant majoritairement bénins pour l'instant. Les virologues étudient les mutations novatrices pour évaluer leur impact.
Le test S négatif permet un dépistage rapide via PCR, mais un séquençage complet est indispensable pour exclure d'autres variantes.
Les vaccins devraient rester efficaces, Omicron utilisant toujours la protéine Spike via ACE2. Les fabricants testent déjà leurs formules. Omicron a été détectée en Europe, Asie, Moyen-Orient, Canada et Australie. Le site BNO News suit les cas confirmés.
De nombreux scientifiques critiquent les interdictions de voyage contre les pays africains, soulignant que la transparence sud-africaine et botswanaise a permis une surveillance rapide. « Punir la bonne science décourage la recherche sur le Covid », regrettent-ils.
Pour éviter la stigmatisation liée aux noms de pays (ex. : britannique, brésilienne), l'OMS utilise l'alphabet grec. «Nu » a été sautée (confusion avec «new »), «Xi » aussi (nom chinois courant). Omicron suit ainsi Delta.
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