La recherche de nouveaux antibiotiques ressemble à la quête d'une aiguille dans une botte de foin. Un algorithme informatique promet d'accélérer et d'optimiser ce processus essentiel.
« Les antibiotiques peuvent être trouvés partout : dans le sol, l'air, les rivières et les lacs, et même dans la mer – partout où l'on trouve des bactéries »
Les peptides, composés d'un petit nombre d'acides aminés – les briques de base des protéines –, existent en innombrables variantes dans la nature. Certaines d'entre elles exercent un effet antibiotique naturel en tuant des bactéries spécifiques. Face à l'épuisement du stock d'antibiotiques efficaces, les chercheurs médicaux intensifient leurs efforts pour identifier de nouvelles substances.
Ces antibiotiques potentiels pullulent partout où des bactéries sont présentes : sol, air, eaux douces ou marines. L'analyse d'un simple échantillon génère un volume massif de big data. Même avec des ordinateurs performants, identifier les peptides prometteurs reste un défi majeur.
Une équipe de scientifiques américains et russes a développé un algorithme capable de détecter des variantes d'antibiotiques existants bien plus rapidement qu'avant. Lors d'une démonstration, le traitement de la base de données complète des peptides connus n'a pris que quelques heures.
Les bactéries résistantes à un antibiotique le sont souvent à ses variantes proches. Les chercheurs visent à perfectionner leur algorithme pour l'appliquer à des échantillons de sol aléatoires, riches en antibiotiques inconnus.
