Après le E.coli épidémie dans les épinards en 2006, les fermes de la vallée de Salinas en Californie ont dû prendre des mesures pour assurer la sécurité alimentaire. La vague d'inquiétudes suscitées par la contamination des produits sauvages a entraîné la destruction de 13 % des zones humides et des habitats riverains au cours des prochaines années. Et ce n'était pas un événement ponctuel :en réponse aux maladies d'origine alimentaire, les habitats sont souvent supprimés pour empêcher les animaux d'entrer en contact avec les cultures. Mais selon une équipe d'entomologistes et de scientifiques de l'environnement de partout aux États-Unis, la sécurité de nos fruits et légumes n'a pas besoin de se faire au détriment de la biodiversité.
S'appuyant sur des recherches antérieures, une étude publiée récemment dans Ecological Applications illustre l'ampleur des risques associés aux oiseaux et aux agents pathogènes dans les produits. Il propose également comment certaines fermes peuvent dissuader les interactions nuisibles avec la faune et accueillir les interactions bénéfiques.
Les chercheurs ont tracé un chemin pour déterminer la probabilité que les oiseaux soient porteurs de bactéries, quelles espèces sont les plus susceptibles de le faire et à quelle fréquence ils sont capables de transmettre des maladies mortelles.
Dans une méta-analyse des données existantes sur les oiseaux et les agents pathogènes, Olivia Smith, chercheuse postdoctorale à la Michigan State University, a découvert que presque toutes les études antérieures avaient été menées sur la côte ouest des États-Unis, où la majorité des produits domestiques sont cultivés. De plus, ils avaient tendance à se concentrer sur les petites exploitations biologiques dont la production était variée. Comme les recherches précédentes de Smith, les études se sont concentrées sur trois bactéries qui causent souvent des intoxications alimentaires :E.coli , salmonelle et campylobacter.
Pour bien établir le risque, les auteurs ont d'abord cherché à savoir si les oiseaux étaient effectivement porteurs de ces contaminants. Dans leurs données agrégées issues de 1 565 études, ils ont trouvé que seulement 0,22 % des oiseaux portaient E. coli et 0,46 portaient des salmonelles. À l'inverse, environ 8 % d'entre eux étaient porteurs de Campylobacter, qui se trouve également être le seul exemple d'une épidémie qui a été attribuée de manière concluante à des oiseaux sauvages :un troupeau de grues migratrices dans des champs de pois en Alaska.
Pour suivre ces agents pathogènes jusqu'aux espèces d'oiseaux responsables, Smith a utilisé un ensemble de résultats antérieurs où les chercheurs ont collecté 1 215 échantillons fécaux dans des fermes de Washington, de l'Oregon et de la Californie et les ont identifiés par des tests ADN. Sur les 106 espèces présentes, près de 40 % de toutes les matières fécales provenaient de 35 espèces d'oiseaux. Les moineaux à couronne blanche, chanteurs et domestiques étaient trois des suspects les plus fréquents en ce qui concerne les gisements de caca découverts.
En travaillant avec les études précédentes de Smith et les données de laboratoire recueillies par Daniel Karp, professeur adjoint au département de la faune, de la pêche et de la biologie de la conservation à l'UC Davis et auteur de l'article, l'équipe a également utilisé les données de 87 fermes pour voir si les oiseaux porteurs d'agents pathogènes visitaient et interagissaient avec les fruits et légumes et transféraient leurs bactéries. Ils ont ensuite compilé les données d'enquête en observant le nombre d'oiseaux dans et autour des champs et s'ils touchaient les cultures d'une manière ou d'une autre.
Dans la plupart des cas, le nombre total de contacts observés par espèce était positivement corrélé au nombre de matières fécales pouvant être attribuées à cet oiseau. Mais alors que l'enquête a permis d'identifier les visiteurs à plumes qui répandaient activement leurs agents pathogènes sur les cultures, il y a eu des cas où l'abondance d'une espèce particulière ne correspondait pas à la fréquence de ses caca. Avec les hirondelles rustiques, par exemple, la corrélation était inversée.
"Une hirondelle vole beaucoup au-dessus du champ agricole et plonge et interagit parfois avec les produits, mais elle n'atterrit pas vraiment du tout", explique Karp. "Nous dirions qu'il interagit beaucoup avec le produit, car nous le voyons beaucoup là-bas. Mais ces oiseaux ne font pas vraiment caca sur l'aile."
Cela signifie que bien qu'elles soient souvent repérées, les hirondelles contaminent probablement beaucoup moins la culture qu'elles ne le sont autour. En même temps, ils mangent des parasites qui nuisent aux cultures en cours de route. En comparaison, les trois types de moineaux étaient tous les deux présents sur le terrain et déféquaient beaucoup.
"Pour le moineau, c'est un oiseau qui, même compte tenu de son abondance relativement élevée dans ces champs, fait caca encore plus souvent", explique Karp.
Les auteurs ont également conclu que la quantité d'agents pathogènes qu'une espèce d'oiseau peut transporter pourrait être déterminée par le risque d'exposition. Des espèces comme les bernaches du Canada et les vachers à tête brune qui ont tendance à habiter sur le sol et autour des parcs d'engraissement pour le bétail sont plus susceptibles d'entrer en contact avec des matières fécales qui transportent E. coli et d'autres bactéries. Ils pourraient ensuite ramasser ces microbes et les transporter vers des fermes de production alors qu'ils se déplacent et se nourrissent tout au long de la journée.
Pendant ce temps, les oiseaux insectivores comme la paruline jaune qui préfèrent être plus haut dans les canopées ont tendance à être moins exposés. Smith a découvert que ces espèces sont moins susceptibles d'être porteuses de maladies car leurs habitats naturels sont relativement plus propres que le sol en contrebas. Cela pourrait être aggravé par le fait que les insectes ne sont pas relativement aussi sales que le grain que le bétail et la volaille contaminent au sol.
L'identification des principales caractéristiques des espèces d'oiseaux qui servent de vecteurs à ces agents pathogènes nocifs facilite l'utilisation de techniques de manipulation des aliments plus sûres sans affecter la biodiversité et les efforts de développement durable.
"Le trait d'exposition du bétail nous dit quelque chose sur la façon dont ces oiseaux attrapent les agents pathogènes, mais aussi sur les types d'oiseaux dont on s'attendrait à ce qu'ils s'inquiètent", explique Karp. D'un autre côté, l'indicateur de régime alimentaire pourrait suggérer que certaines espèces aviaires sont réellement bénéfiques pour les plantes et les fermes.
Pour Karp, ces informations sont utiles pour créer des programmes plus ciblés pour évaluer quels oiseaux sont nuisibles et si leur présence doit être gérée dans des fermes spécifiques. Des moyens de dissuasion tels que des hurleurs, des canons sonores ou même la fauconnerie pourraient être utilisés pour chasser les espèces porteuses d'agents pathogènes.
"Ce type de gestion ciblée nous amène vers une situation plus gagnant-gagnant, où nous bénéficions en quelque sorte de la conservation, puis obtenons certains de ces avantages pour les ravageurs, mais ne nous inquiétons pas trop des risques pour la sécurité alimentaire", déclare Karp.
Sadhana Ravishankar, professeur de sécurité alimentaire à l'Université de l'Arizona, souligne que tout en comprenant qui sont les principaux porteurs de maladies, être capable de les dissuader est une autre histoire. « Les agriculteurs peuvent probablement prendre des mesures de précaution, mais la nature est si vaste. Quelle est l'efficacité de ces contrôles ? » dit-elle.
Outre l'échelle, le manque de contrôles établis est un autre problème de sécurité alimentaire. "De nombreuses recherches doivent être effectuées avant de pouvoir proposer des mesures scientifiquement solides", déclare Ravishankar. Sans ces lignes directrices, les agriculteurs ont un travail encore plus difficile pour réglementer ce qui est ou non sans danger pour la consommation.
Karp, cependant, prévoit de continuer à affiner son analyse en se concentrant sur la durée de persistance d'un agent pathogène une fois qu'il a atteint les cultures. « Survit-il réellement dans la nourriture ? il dit. « Est-ce là pour quelques heures ? Ou est-il là pendant des semaines, auquel cas vous seriez plus inquiet au moment de la récolte ?"
Du point de vue d'un amoureux des oiseaux, son co-auteur Smith s'intéresse à la gestion des systèmes agricoles d'une manière qui soit bonne à la fois pour les personnes et la biodiversité. Elle espère découvrir quels oiseaux sont à risque afin que les fermes américaines puissent être plus durables et plus sûres pour un enfant qui grignote une pomme et les hirondelles qui volent dans le ciel.
