Après l'épidémie d'E. coli dans les épinards en 2006, les fermes de la vallée de Salinas en Californie ont renforcé leurs mesures de sécurité alimentaire. Cette crise a entraîné la destruction de 13 % des zones humides et habitats riverains dans les années suivantes. Face aux maladies d'origine alimentaire, la suppression d'habitats pour éloigner la faune des cultures est courante. Pourtant, une équipe d'entomologistes et scientifiques environnementaux américains montre qu'il est possible de protéger fruits et légumes sans sacrifier la biodiversité.
Publiée récemment dans Ecological Applications, une étude s'appuie sur des recherches antérieures pour évaluer les risques liés aux oiseaux et pathogènes dans les productions agricoles. Elle propose des stratégies pour dissuader les interactions nuisibles tout en favorisant les bénéfiques.
Les chercheurs ont modélisé la probabilité que les oiseaux portent des bactéries, identifié les espèces les plus à risque et évalué leur capacité à transmettre des maladies graves.
Dans une méta-analyse de données issues de 1 565 échantillons, Olivia Smith, chercheuse postdoctorale à la Michigan State University, révèle que les études se concentrent sur la côte Ouest américaine, principal bassin de production de fruits et légumes. Elles portent sur des fermes biologiques diversifiées et trois pathogènes alimentaires majeurs : E. coli, Salmonella et Campylobacter.
Seulement 0,22 % des oiseaux testés portaient E. coli, 0,46 % Salmonella, mais 8 % hébergeaient Campylobacter – seul pathogène lié de manière concluante à une épidémie via des oiseaux sauvages (grues en Alaska).
Sur 1 215 échantillons fécaux de fermes en Washington, Oregon et Californie, 106 espèces identifiées par ADN : 40 % des fèces provenaient de 35 espèces. Les moineaux à couronne blanche, chanteurs et domestiques dominaient.
En combinant ces données avec celles de 87 fermes (observations et labo de Daniel Karp, UC Davis), l'équipe a vérifié si les oiseaux porteurs contaminent les cultures. Le nombre de contacts observés corrélait généralement avec les fèces déposées.
Cependant, pour les hirondelles rustiques, la corrélation était inversée : abondantes mais peu de fèces, car elles volent sans atterrir. Elles mangent pourtant des parasites utiles aux cultures.
À l'opposé, les moineaux sont abondants et défèquent fréquemment sur les champs.
Le risque dépend aussi de l'exposition : bernaches du Canada et vachers à tête brune, proches du bétail, transportent plus E. coli. Les parulines jaunes, insectivores en canopée, sont moins touchées.
Ces insights permettent des mesures ciblées préservant la biodiversité : dissuasion sélective (hurleurs, fauconnerie) pour espèces à risque, sans perturber les bénéfiques.
"Une gestion ciblée crée un équilibre gagnant-gagnant pour sécurité alimentaire et conservation", explique Daniel Karp.
Sadhana Ravishankar (Université de l'Arizona) note les défis d'échelle et d'efficacité, appelant à plus de recherches validées.
Prochaines étapes : étudier la persistance des pathogènes sur cultures et optimiser la gestion agricole pour humains et biodiversité.
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