Une nouvelle méthode est capable de détecter pratiquement n'importe quel virus dans des échantillons de tissus.
Une nouvelle méthode peut détecter et identifier pratiquement n'importe quel virus dans des échantillons de tissus.
Lorsque les médecins veulent savoir quel virus est responsable d'une infection, ils utilisent généralement la PCR (amplification en chaîne par polymérase). Cette technique multiplie les fragments d'ADN individuels jusqu'à ce qu'ils forment un échantillon suffisamment grand pour être étudié. Mais la méthode ne fonctionne que si vous savez quel type de virus vous recherchez, et cela peut parfois être délicat.
Une nouvelle méthode élimine les conjectures. VirCapSeq-VERT (plate-forme de séquençage de capture de viromes pour les virus vertébrés) trouve pratiquement n'importe quel virus dans le plus petit échantillon de salive, de tissu ou de liquide céphalo-rachidien. En 48 heures, 21 échantillons peuvent être analysés simultanément, pour un coût estimé par échantillon inférieur à 200 euros. La technique reconnaît également les virus mutés s'ils sont identiques à au moins 40 % aux variants connus. « Faire effectuer une série de tests par quelqu'un aux urgences coûte des milliers de dollars », a déclaré l'auteur principal de l'étude, l'épidémiologiste W. Ian Lipkin de l'Université de Columbia. "Cette méthode est très bon marché et rend possible la personnalisation de la médecine :vous savez exactement ce qui ne va pas chez vous."
L'équipe de recherche a d'abord créé une base de données avec plus d'un millier de virus présents chez les vertébrés. Ils ont ensuite fabriqué un lot de sondes géniques (petits morceaux d'ADN ou d'ARN permettant de reconnaître un fragment d'ADN ou d'ARN spécifique, ndlr) – deux millions de morceaux, chacun de 25 à 50 nanomètres de long. Chacun de ces petits morceaux d'ADN synthétique a reçu une séquence de bases spécifique qui correspond à une variante du virus. Ainsi, la sonde reconnaît son homologue et s'y attache. Les chercheurs éliminent les virus des échantillons à l'aide de billes magnétiques d'un diamètre de un à trois microns.
Un « lieur » chimique lie les billes à la sonde génique et au virus auquel elle s'est attachée. Lorsqu'il est placé dans un tube dans un support magnétique, l'ensemble de la perle, de la sonde et du virus est tiré contre le mur et peut être facilement isolé. Pour exclure les résultats faussement positifs, les virus sont ensuite séquencés. Lipkin et ses collègues recherchent maintenant un partenaire commercial pour introduire la technologie dans les hôpitaux. L'équipe souhaite également étendre le projet avec des sondes pour toutes les bactéries et champignons infectieux connus.
