Avec la montée des résistances aux antibiotiques, l'intérêt pour la phagothérapie croît. Cependant, tous les bactériophages n'éliminent pas complètement les bactéries pathogènes.

Des biologistes cellulaires américains ont identifié, au sein de la vaste diversité des bactériophages – ces virus parasites des bactéries –, une classe préoccupante pour les praticiens de la phagothérapie, encore expérimentale. Ces phages récemment découverts confèrent une résistance à divers antibiotiques aux bactéries, aggravant un problème qui cause des milliers de décès en Europe chaque année.
Les chercheurs ont testé 20 phages isolés de sols et eaux de rivière sur la bactérie intestinale E. coli. Tous ont tué les bactéries, mais deux ont laissé intactes les plasmides porteurs des gènes de résistance. Ces plasmides libres peuvent alors contaminer d'autres bactéries environnantes. Les 18 autres phages, en revanche, ont détruit ces plasmides de manière efficace.
Les cliniciens utilisant les phages pour traiter les infections résistantes aux antibiotiques doivent donc sélectionner rigoureusement leurs souches.