Les humains modernes et les Néandertaliens partagent non seulement des fragments d'ADN, mais aussi une composition microbiotique intestinale étonnamment similaire. « Ces bactéries étaient déjà présentes dans la flore intestinale de notre dernier ancêtre commun, il y a au moins 700 000 ans », explique Stephanie Schnorr, anthropologue biologique à l'Institut Konrad Lorenz.
Le site archéologique d'El Salt, dans le sud-est de l'Espagne, couvre une période s'étendant de 60 000 à 30 000 ans. Bien que des restes d'humains modernes y aient été découverts, ce sont surtout les vestiges néandertaliens qui en font un site exceptionnel.
C'est là que les archéologues ont exhumé les coprolithes humains les plus anciens connus, des excréments fossilisés datant d'environ 50 000 ans. Une précédente analyse avait révélé une consommation végétale plus importante que prévu chez les Néandertaliens. Mais ces échantillons recèlent bien plus : une étude ADN récente démontre que leur flore intestinale est très proche de la nôtre.
Analyser l'ADN fossile de fèces vieilles de 50 000 ans représente un exploit scientifique. « Cette technologie n'avait jamais été appliquée à des matières fécales datant de plus de 8 000 ans », note Stephanie Schnorr. « Le coprosanol et le stigmastanol, sous-produits du métabolisme humain, ont été détectés. La couche archéologique correspond à l'occupation néandertalienne d'El Salt, et sa parfaite conservation a permis d'identifier les bactéries intestinales présentes. »
Les bactéries identifiées, telles que Bifidobacterium, Blautia et Ruminococcus, appartiennent aux mêmes familles que celles colonisant nos intestins aujourd'hui. La flore intestinale néandertalienne présente ainsi des similitudes marquées avec celle d'Homo sapiens. Selon Stephanie Schnorr, cette communauté microbienne précède probablement la divergence évolutive des deux espèces, remontant à au moins 700 000 ans.
Les recherches actuelles soulignent l'importance cruciale de ce microbiome pour notre santé. Influencée par l'alimentation et d'autres facteurs, elle reste partagée malgré nos habitudes alimentaires modernes radicalement différentes de celles des Néandertaliens d'El Salt.
